Perl script to insert sequence in contig !!
By Jit 2699 days ago
# sub signature:
#insertSEQintoCONTIGatLOC( SEQ , CONTIG , LOC ) ;
sub insertSEQintoCONTIGatLOC{
my ( $SEQ , $CONTIG , $LOC ) = @_;
substr( $CONTIG , $LOC , -length($CONTIG) ) = $SEQ ;
return $CONTIG;
}
$s = "ATATGATGATAGATGATAGTAGATAGATAGATAGATAGATAG";
print "s = $s \n";
print 'insert = '.($s = insertSEQintoCONTIGatLOC( "CCCC ", $s , 26 ))."\n";
print " (now, s = '$s' ) \n";
# OUTPUT:
# s = ATATGATGATAGATGATAGTAGATAGATAGATAGATAGATAG
# insert = 'CCCC '
# (now, s = ATATGATGATAGATGATAGTAGATAGCCCCATAGATAGATAGATAG' )";
