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	<title><![CDATA[BOL: How to print only the first best hit from blastn tool?]]></title>
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	<pubDate>Thu, 02 Mar 2017 09:08:17 -0600</pubDate>
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	<title><![CDATA[How to print only the first best hit from blastn tool?]]></title>
	<description><![CDATA[<p>I used the following command to print the blast hit.</p><blockquote><p>[Terminal] blastn -query aaa.fa -db blastdb/nt -evalue 10e-5 -num_threads 4 -max_target_seqs 1 -outfmt '6 qseqid staxid qstart qend sallseqi sstart send evalue length frames qcovs' -out testBlastSee</p></blockquote><p>But the outfile print many hits, I only want the top one.</p><blockquote><p>[Terminal] more testBlastSee&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; []<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;1&nbsp;&nbsp; &nbsp;63350&nbsp;&nbsp; &nbsp;1&nbsp;&nbsp; &nbsp;63350&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;63350&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;52453&nbsp;&nbsp; &nbsp;55105&nbsp;&nbsp; &nbsp;138601&nbsp;&nbsp; &nbsp;141250&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;2654&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;52393&nbsp;&nbsp; &nbsp;53898&nbsp;&nbsp; &nbsp;629230&nbsp;&nbsp; &nbsp;627727&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1508&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;52411&nbsp;&nbsp; &nbsp;53898&nbsp;&nbsp; &nbsp;2217595&nbsp;&nbsp; &nbsp;2216111&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1489&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;52413&nbsp;&nbsp; &nbsp;53898&nbsp;&nbsp; &nbsp;2157259&nbsp;&nbsp; &nbsp;2155777&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1487&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;52452&nbsp;&nbsp; &nbsp;53898&nbsp;&nbsp; &nbsp;838503&nbsp;&nbsp; &nbsp;837059&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1449&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;52453&nbsp;&nbsp; &nbsp;53860&nbsp;&nbsp; &nbsp;374322&nbsp;&nbsp; &nbsp;375726&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1409&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;53859&nbsp;&nbsp; &nbsp;55105&nbsp;&nbsp; &nbsp;2154570&nbsp;&nbsp; &nbsp;2155816&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1247&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;53860&nbsp;&nbsp; &nbsp;55105&nbsp;&nbsp; &nbsp;626521&nbsp;&nbsp; &nbsp;627766&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1246&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;53858&nbsp;&nbsp; &nbsp;55105&nbsp;&nbsp; &nbsp;835851&nbsp;&nbsp; &nbsp;837098&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1248&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;53860&nbsp;&nbsp; &nbsp;55105&nbsp;&nbsp; &nbsp;2214905&nbsp;&nbsp; &nbsp;2216150&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1246&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;53860&nbsp;&nbsp; &nbsp;55104&nbsp;&nbsp; &nbsp;374321&nbsp;&nbsp; &nbsp;373077&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1245&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;53860&nbsp;&nbsp; &nbsp;55104&nbsp;&nbsp; &nbsp;138600&nbsp;&nbsp; &nbsp;137356&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1245&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;53860&nbsp;&nbsp; &nbsp;55104&nbsp;&nbsp; &nbsp;839748&nbsp;&nbsp; &nbsp;838504&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;1245&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;40213&nbsp;&nbsp; &nbsp;41128&nbsp;&nbsp; &nbsp;508317&nbsp;&nbsp; &nbsp;507400&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;922&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28448&nbsp;&nbsp; &nbsp;28695&nbsp;&nbsp; &nbsp;543445&nbsp;&nbsp; &nbsp;543703&nbsp;&nbsp; &nbsp;9e-96&nbsp;&nbsp; &nbsp;260&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;42193&nbsp;&nbsp; &nbsp;42376&nbsp;&nbsp; &nbsp;506963&nbsp;&nbsp; &nbsp;506780&nbsp;&nbsp; &nbsp;4e-64&nbsp;&nbsp; &nbsp;184&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;61964&nbsp;&nbsp; &nbsp;62163&nbsp;&nbsp; &nbsp;61646&nbsp;&nbsp; &nbsp;61845&nbsp;&nbsp; &nbsp;6e-53&nbsp;&nbsp; &nbsp;200&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;61646&nbsp;&nbsp; &nbsp;61845&nbsp;&nbsp; &nbsp;61964&nbsp;&nbsp; &nbsp;62163&nbsp;&nbsp; &nbsp;6e-53&nbsp;&nbsp; &nbsp;200&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;37541&nbsp;&nbsp; &nbsp;37672&nbsp;&nbsp; &nbsp;512963&nbsp;&nbsp; &nbsp;512832&nbsp;&nbsp; &nbsp;3e-50&nbsp;&nbsp; &nbsp;132&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28816&nbsp;&nbsp; &nbsp;28933&nbsp;&nbsp; &nbsp;2360018&nbsp;&nbsp; &nbsp;2359903&nbsp;&nbsp; &nbsp;7e-32&nbsp;&nbsp; &nbsp;118&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;35284&nbsp;&nbsp; &nbsp;35410&nbsp;&nbsp; &nbsp;1439702&nbsp;&nbsp; &nbsp;1439828&nbsp;&nbsp; &nbsp;1e-30&nbsp;&nbsp; &nbsp;129&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28272&nbsp;&nbsp; &nbsp;28363&nbsp;&nbsp; &nbsp;1412439&nbsp;&nbsp; &nbsp;1412348&nbsp;&nbsp; &nbsp;1e-29&nbsp;&nbsp; &nbsp;92&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28193&nbsp;&nbsp; &nbsp;28270&nbsp;&nbsp; &nbsp;2360127&nbsp;&nbsp; &nbsp;2360050&nbsp;&nbsp; &nbsp;2e-28&nbsp;&nbsp; &nbsp;78&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28695&nbsp;&nbsp; &nbsp;28813&nbsp;&nbsp; &nbsp;542396&nbsp;&nbsp; &nbsp;542514&nbsp;&nbsp; &nbsp;6e-23&nbsp;&nbsp; &nbsp;122&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28695&nbsp;&nbsp; &nbsp;28813&nbsp;&nbsp; &nbsp;1981268&nbsp;&nbsp; &nbsp;1981150&nbsp;&nbsp; &nbsp;6e-23&nbsp;&nbsp; &nbsp;122&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28695&nbsp;&nbsp; &nbsp;28813&nbsp;&nbsp; &nbsp;2341071&nbsp;&nbsp; &nbsp;2340953&nbsp;&nbsp; &nbsp;6e-23&nbsp;&nbsp; &nbsp;122&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28695&nbsp;&nbsp; &nbsp;28812&nbsp;&nbsp; &nbsp;2360250&nbsp;&nbsp; &nbsp;2360133&nbsp;&nbsp; &nbsp;2e-22&nbsp;&nbsp; &nbsp;121&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28695&nbsp;&nbsp; &nbsp;28796&nbsp;&nbsp; &nbsp;2218330&nbsp;&nbsp; &nbsp;2218229&nbsp;&nbsp; &nbsp;8e-22&nbsp;&nbsp; &nbsp;103&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;28695&nbsp;&nbsp; &nbsp;28796&nbsp;&nbsp; &nbsp;2260841&nbsp;&nbsp; &nbsp;2260740&nbsp;&nbsp; &nbsp;8e-22&nbsp;&nbsp; &nbsp;103&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;55066&nbsp;&nbsp; &nbsp;55147&nbsp;&nbsp; &nbsp;2154609&nbsp;&nbsp; &nbsp;2154528&nbsp;&nbsp; &nbsp;2e-17&nbsp;&nbsp; &nbsp;82&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;55066&nbsp;&nbsp; &nbsp;55148&nbsp;&nbsp; &nbsp;626559&nbsp;&nbsp; &nbsp;626478&nbsp;&nbsp; &nbsp;5e-14&nbsp;&nbsp; &nbsp;83&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;52392&nbsp;&nbsp; &nbsp;52456&nbsp;&nbsp; &nbsp;373013&nbsp;&nbsp; &nbsp;373076&nbsp;&nbsp; &nbsp;2e-12&nbsp;&nbsp; &nbsp;65&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;55105&nbsp;&nbsp; &nbsp;55148&nbsp;&nbsp; &nbsp;375723&nbsp;&nbsp; &nbsp;375766&nbsp;&nbsp; &nbsp;1e-09&nbsp;&nbsp; &nbsp;44&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br />Lactococcus_lactis&nbsp;&nbsp; &nbsp;52393&nbsp;&nbsp; &nbsp;52457&nbsp;&nbsp; &nbsp;839809&nbsp;&nbsp; &nbsp;839745&nbsp;&nbsp; &nbsp;1e-09&nbsp;&nbsp; &nbsp;66&nbsp;&nbsp; &nbsp;1/1&nbsp;&nbsp; &nbsp;100<br /><br /></p></blockquote>]]></description>
	<dc:creator>Marysia</dc:creator>
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