<![CDATA[BOL: Installing Salmon for Trinity !]]> https://bioinformaticsonline.com/blog/view/37236/installing-salmon-for-trinity? https://bioinformaticsonline.com/blog/view/37236/installing-salmon-for-trinity Tue, 03 Jul 2018 09:02:29 -0500 https://bioinformaticsonline.com/blog/view/37236/installing-salmon-for-trinity <![CDATA[Installing Salmon for Trinity !]]> ➜ trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6 git:(master) ✗ conda install salmon
Solving environment: done

## Package Plan ##

environment location: /home/urbe/anaconda3

added / updated specs:
- salmon

The following packages will be downloaded:

package | build
---------------------------|-----------------
boost-1.64.0 | py36_4 331 KB conda-forge
jemalloc-5.1.0 | hfc679d8_0 8.2 MB conda-forge
boost-cpp-1.64.0 | 1 17.8 MB conda-forge
salmon-0.10.2 | 1 3.7 MB bioconda
conda-4.5.5 | py36_0 624 KB conda-forge
tbb-2018_20171205 | 0 1.2 MB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 31.8 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

boost: 1.64.0-py36_4 conda-forge
boost-cpp: 1.64.0-1 conda-forge
jemalloc: 5.1.0-hfc679d8_0 conda-forge
salmon: 0.10.2-1 bioconda
tbb: 2018_20171205-0 conda-forge

The following packages will be UPDATED:

conda: 4.5.4-py36_0 conda-forge --> 4.5.5-py36_0 conda-forge

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages
boost-1.64.0 | 331 KB | ####################################################################################################################################### | 100%
jemalloc-5.1.0 | 8.2 MB | ####################################################################################################################################### | 100%
boost-cpp-1.64.0 | 17.8 MB | ####################################################################################################################################### | 100%
salmon-0.10.2 | 3.7 MB | ####################################################################################################################################### | 100%
conda-4.5.5 | 624 KB | ####################################################################################################################################### | 100%
tbb-2018_20171205 | 1.2 MB | ####################################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

]]> Rahul Nayak https://bioinformaticsonline.com/blog/view/37236/installing-salmon-for-trinity#item-annotation-3426 Mon, 09 Jul 2018 03:40:02 -0500 https://bioinformaticsonline.com/blog/view/37236/installing-salmon-for-trinity#item-annotation-3426 <![CDATA[Comment by Rahul Nayak]]> Sometime, you need to provide the path 

➜ Tools git:(master) ✗ PATH=$PATH:/home/tools/anaconda3/bin 
➜ Tools git:(master) ✗ export $PATH

]]> Rahul Nayak