https://bioinformaticsonline.com/snippets/owner/surabhi?offset=0 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43891/bash-online-to-update-linux-os Tue, 14 Jun 2022 10:42:35 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43891/bash-online-to-update-linux-os sudo bash -c 'for i in update {,full-,dist-}upgrade auto{remove,clean}; do apt-get $i -y; done']]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43636/extract-fasta-header-with-ids Fri, 10 Dec 2021 09:58:58 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43636/extract-fasta-header-with-ids #Extract all the fasta header name with certain ids kraken --db ../../../../DATABASE/minikraken_20171019_8GB.tgz out.fa more out.fa_class.txt | grep "227859" | awk '{print $2}' > all_real_ids.txt minimap2 -t 36 -k19 -w5 -A1 -B2 -O3,13 -E2,1 -s200 -z200 -N50 --min-occ-floor=100 finaal_output.fasta finaal_output.fasta > finaal_self_align.paf]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43617/omicron-sequences-accession-number Thu, 02 Dec 2021 06:39:30 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43617/omicron-sequences-accession-number EPI_ISL_6647956 EPI_ISL_6647957 EPI_ISL_6647958 EPI_ISL_6647959 EPI_ISL_6647960 EPI_ISL_6647962 EPI_ISL_6647961 Search the IDs in https://www.epicov.org/epi3/frontend]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43612/extract-fasta-sequences-with-ids-in-another-file Sun, 28 Nov 2021 03:46:22 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43612/extract-fasta-sequences-with-ids-in-another-file #Ids are in test.txt - one ids per line #sequences are in test.fa grep -w -A 2 -f test.txt test.fa --no-group-separator # seqtk seqtk subseq test.fa test.txt #faSomeRecods faSomeRecords in.fa listFile out.fa # seqkit seqkit grep -n -f list.txt sequences.fas > newfile2.fas]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43603/extract-the-values-using-ids Mon, 22 Nov 2021 20:07:29 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43603/extract-the-values-using-ids #Awk script awk 'NR==FNR{tgts[$1]; next} $1 in tgts' file1 file2 Look: $ cat file1 11002 10995 48981 79600 $ cat file2 10993 item 0 11002 item 6 10995 item 7 79600 item 7 439481 item 5 272557 item 7 224325 item 7 84156 item 6 572546 item 7 693661 item 7 $ awk 'NR==FNR{tgts[$1]; next} $1 in tgts' file1 file2 11002 item 6 10995 item 7 79600 item 7]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43602/split-the-string-with-underscore-and-store-values-in-array-with-awk Mon, 22 Nov 2021 19:02:31 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43602/split-the-string-with-underscore-and-store-values-in-array-with-awk more enriched_ids | grep "WP_" | awk '{split($2,a,"_"); print a[4]"_"a[5]}' #Other extraction more enriched_ids | grep "WP_" | awk '{split($2,a,"_"); print a[4]"_"a[5]}'> enriched_ids_list awk 'NR==FNR{tgts[$1]; next} $1 in tgts' enriched_ids_list result/GO.out > enriched_GO.out.xls]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43601/awk-build-in-commands Mon, 22 Nov 2021 18:50:44 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43601/awk-build-in-commands Built-In Variables In Awk Awk’s built-in variables include the field variables—$1, $2, $3, and so on ($0 is the entire line) — that break a line of text into individual words or pieces called fields. #NR: NR command keeps a current count of the number of input records. Remember that records are usually lines. Awk command performs the pattern/action statements once for each record in a file. #NF: NF command keeps a count of the number of fields within the current input record. #FS: FS command contains the field separator character which is used to divide fields on the input line. The default is “white space”, meaning space and tab characters. FS can be reassigned to another character (typically in BEGIN) to change the field separator. #RS: RS command stores the current record separator character. Since, by default, an input line is the input record, the default record separator character is a newline. #OFS: OFS command stores the output field separator, which separates the fields when Awk prints them. The default is a blank space. Whenever print has several parameters separated with commas, it will print the value of OFS in between each parameter. #ORS: ORS command stores the output record separator, which separates the output lines when Awk prints them. The default is a newline character. print automatically outputs the contents of ORS at the end of whatever it is given to print.]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43585/update-pangolin Mon, 15 Nov 2021 04:25:43 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43585/update-pangolin $ pangolin --update #Major update conda activate pangolin git pull conda env update -f environment.yml pip install . re-installs pangolin.]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43581/install-composer-for-elgg Mon, 15 Nov 2021 01:27:29 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43581/install-composer-for-elgg #!/bin/sh EXPECTED_CHECKSUM="$(php -r 'copy("https://composer.github.io/installer.sig", "php://stdout");')" php -r "copy('https://getcomposer.org/installer', 'composer-setup.php');" ACTUAL_CHECKSUM="$(php -r "echo hash_file('sha384', 'composer-setup.php');")" if [ "$EXPECTED_CHECKSUM" != "$ACTUAL_CHECKSUM" ] then >&2 echo 'ERROR: Invalid installer checksum' rm composer-setup.php exit 1 fi php composer-setup.php --quiet RESULT=$? rm composer-setup.php exit $RESULT]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43561/installing-covid19-environment Mon, 25 Oct 2021 00:56:35 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43561/installing-covid19-environment (base) vikas@vikas-Lenovo-ideapad-320-15ISK:~/vinodLab/Genepi$ conda env create -f covid19-environment.yml Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done Downloading and Extracting Packages sqlite-3.36.0 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% docutils-0.17.1 | 762 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kernel-headers_linux | 957 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pixman-0.40.0 | 627 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libtiff-4.2.0 | 590 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% llvm-meta-7.0.0 | 2 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% sed-4.8 | 264 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxau-1.0.9 | 13 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-xproto-7.0.31 | 73 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% joblib-1.1.0 | 210 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fonts-conda-forge-1 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% importlib-metadata-4 | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% typing_extensions-3. | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% datrie-0.8.2 | 152 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% rsync-3.2.3 | 312 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% setuptools-58.2.0 | 1008 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cffi-1.14.6 | 225 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-recordproto-1.1 | 8 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxext-1.3.4 | 54 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libzlib-1.2.11 | 59 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gxx_impl_linux-64-9. | 10.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fontconfig-2.13.1 | 357 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pthread-stubs-0.4 | 5 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% certifi-2021.10.8 | 144 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libcblas-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kraken2-2.1.2 | 208 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tk-8.6.11 | 3.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zlib-1.2.11 | 86 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% urllib3-1.26.7 | 100 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% ld_impl_linux-64-2.3 | 667 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% hisat2-2.2.1 | 16.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cairo-1.16.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxdmcp-1.1.3 | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _r-mutex-1.0.1 | 3 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pyopenssl-21.0.0 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% minimap2-2.22 | 483 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% krb5-1.19.2 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% font-ttf-ubuntu-0.83 | 1.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gitpython-3.1.24 | 122 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% font-ttf-source-code | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-inputproto-2.3. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libice-1.0.10 | 58 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-fixesproto-5.0 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gfortran_impl_linux- | 14.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% binutils_linux-64-2. | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fonts-conda-ecosyste | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-xextproto-7.3.0 | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% spades-3.15.3 | 48.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% binutils_impl_linux- | 10.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libstdcxx-devel_linu | 9.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tar-1.34 | 904 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% varscan-2.4.4 | 123 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% alsa-lib-1.2.3 | 560 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% curl-7.79.1 | 153 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% picard-2.26.3 | 16.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% lz4-c-1.9.3 | 179 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libwebp-base-1.2.0 | 815 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wget-1.20.3 | 804 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python_abi-3.7 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% git-2.33.1 | 13.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% perl-xml-parser-2.44 | 165 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxfixes-5.0.3 | 18 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% simplejson-3.17.5 | 103 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% krona-2.8 | 154 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% mafft-7.487 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% liblapack-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libstdcxx-ng-11.2.0 | 4.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% r-base-3.6.3 | 23.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxrender-0.9. | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fribidi-1.0.10 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kiwisolver-1.3.2 | 78 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python-3.7.10 | 57.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cryptography-35.0.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pyyaml-6.0 | 188 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gitdb-4.0.9 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgfortran-ng-11.2. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libssh2-1.10.0 | 233 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxtst-1.2.3 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zipp-3.6.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% sysroot_linux-64-2.1 | 34.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libopenblas-0.3.18 | 9.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% perl-gd-2.68 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wrapt-1.13.2 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tktable-2.10 | 89 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% numpy-1.21.3 | 6.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libglib-2.70.0 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-ng-11.2.0 | 887 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% expat-2.4.1 | 182 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgomp-11.2.0 | 427 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% jsonschema-4.1.2 | 54 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openmp-7.0.0 | 396 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gcc_impl_linux-64-9. | 45.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openjdk-11.0.9.1 | 173.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% c-ares-1.17.2 | 109 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gcc_linux-64-9.4.0 | 24 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% matplotlib-base-3.4. | 7.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pango-1.48.10 | 400 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pillow-8.2.0 | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% attrs-21.2.0 | 44 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zstd-1.5.0 | 490 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxi-1.7.10 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libnghttp2-1.43.0 | 790 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python-dateutil-2.8. | 240 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% seqtk-1.3 | 38 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gxx_linux-64-9.4.0 | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libnsl-2.0.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _sysroot_linux-64_cu | 14 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pcre-8.45 | 253 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openjpeg-2.4.0 | 444 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libxcb-1.13 | 395 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-devel_linux-6 | 4.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgd-2.3.2 | 299 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% make-4.3 | 507 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openssl-1.1.1l | 2.1 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% bwidget-1.9.14 | 120 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gfortran_linux-64-9. | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgfortran5-11.2.0 | 1.7 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libidn2-2.3.2 | 98 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libsm-1.2.3 | 26 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libunistring-0.9.10 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-renderproto-0.1 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% configargparse-1.5.3 | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pip-21.3.1 | 1.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% quast-5.0.2 | 18.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wheel-0.37.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libffi-3.4.2 | 57 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% font-ttf-inconsolata | 94 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% entrez-direct-15.6 | 7.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% graphite2-1.3.13 | 102 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-kbproto-1.0.7 | 27 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% ca-certificates-2021 | 139 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gettext-0.19.8.1 | 3.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libsanitizer-9.4.0 | 6.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libblas-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libcurl-7.79.1 | 335 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% bedtools-2.30.0 | 17.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pcre2-10.37 | 1.1 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libx11-1.7.2 | 941 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% biopython-1.74 | 2.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% blast-2.12.0 | 22.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% harfbuzz-2.9.1 | 2.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: \ Krona installed. You still need to manually update the taxonomy databases before Krona can generate taxonomic reports. The update script is ktUpdateTaxonomy.sh. The default location for storing taxonomic databases is /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy If you would like the taxonomic data stored elsewhere, simply replace this directory with a symlink. For example: rm -rf /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy mkdir /path/on/big/disk/taxonomy ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy ktUpdateTaxonomy.sh \ The default QUAST package does not include: * GRIDSS (needed for structural variants detection) * SILVA 16S rRNA database (needed for reference genome detection in metagenomic datasets) * BUSCO tools and databases (needed for searching BUSCO genes) -- works in Linux only! To be able to use those, please run quast-download-gridss quast-download-silva quast-download-busco done # # To activate this environment, use # # $ conda activate covid19-genepi # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate]]> Surabhi Chaudhary