https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40804/bash-command-to-install-bwa-samtools-picard? https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40804/bash-command-to-install-bwa-samtools-picard Sat, 01 Feb 2020 01:55:04 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40804/bash-command-to-install-bwa-samtools-picard (base) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install bwa Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: - The environment is inconsistent, please check the package plan carefully The following packages are causing the inconsistency: - defaults/linux-64::numba==0.43.1=py37h962f231_0 - defaults/linux-64::anaconda==2019.03=py37_0 done ## Package Plan ## environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3 added / updated specs: - bwa The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- _anaconda_depends-2019.03 | py37_0 5 KB anaconda-custom | py37_1 3 KB bwa-0.7.17 | hed695b0_7 523 KB bioconda ca-certificates-2020.1.1 | 0 132 KB certifi-2019.11.28 | py37_0 156 KB openssl-1.1.1d | h7b6447c_3 3.7 MB perl-5.26.2 | h14c3975_0 15.9 MB tbb-2019.8 | hfd86e86_0 1.4 MB ------------------------------------------------------------ Total: 21.8 MB The following NEW packages will be INSTALLED: _anaconda_depends pkgs/main/linux-64::_anaconda_depends-2019.03-py37_0 bwa bioconda/linux-64::bwa-0.7.17-hed695b0_7 perl pkgs/main/linux-64::perl-5.26.2-h14c3975_0 tbb pkgs/main/linux-64::tbb-2019.8-hfd86e86_0 The following packages will be UPDATED: ca-certificates 2019.1.23-0 --> 2020.1.1-0 certifi 2019.3.9-py37_0 --> 2019.11.28-py37_0 openssl 1.1.1b-h7b6447c_1 --> 1.1.1d-h7b6447c_3 The following packages will be DOWNGRADED: anaconda 2019.03-py37_0 --> custom-py37_1 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages certifi-2019.11.28 | 156 KB | ############################################################ | 100% ca-certificates-2020 | 132 KB | ############################################################ | 100% perl-5.26.2 | 15.9 MB | ############################################################ | 100% bwa-0.7.17 | 523 KB | ############################################################ | 100% anaconda-custom | 3 KB | ############################################################ | 100% openssl-1.1.1d | 3.7 MB | ############################################################ | 100% _anaconda_depends-20 | 5 KB | ############################################################ | 100% tbb-2019.8 | 1.4 MB | ############################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done (my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install samtools Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK added / updated specs: - samtools The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- bzip2-1.0.8 | h7b6447c_0 105 KB curl-7.67.0 | hbc83047_0 145 KB htslib-1.9 | h4da6232_3 1.2 MB bioconda krb5-1.16.4 | h173b8e3_0 1.4 MB libcurl-7.67.0 | h20c2e04_0 576 KB libdeflate-1.2 | h516909a_1 63 KB bioconda libssh2-1.8.2 | h1ba5d50_0 250 KB libstdcxx-ng-9.1.0 | hdf63c60_0 4.0 MB samtools-1.9 | h10a08f8_12 299 KB bioconda ------------------------------------------------------------ Total: 8.0 MB The following NEW packages will be INSTALLED: bzip2 pkgs/main/linux-64::bzip2-1.0.8-h7b6447c_0 ca-certificates pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2020.1.1-0 curl pkgs/main/linux-64::curl-7.67.0-hbc83047_0 htslib bioconda/linux-64::htslib-1.9-h4da6232_3 krb5 pkgs/main/linux-64::krb5-1.16.4-h173b8e3_0 libcurl pkgs/main/linux-64::libcurl-7.67.0-h20c2e04_0 libdeflate bioconda/linux-64::libdeflate-1.2-h516909a_1 libedit pkgs/main/linux-64::libedit-3.1.20181209-hc058e9b_0 libssh2 pkgs/main/linux-64::libssh2-1.8.2-h1ba5d50_0 libstdcxx-ng pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0 ncurses pkgs/main/linux-64::ncurses-6.1-he6710b0_1 openssl pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1d-h7b6447c_3 samtools bioconda/linux-64::samtools-1.9-h10a08f8_12 tk pkgs/main/linux-64::tk-8.6.8-hbc83047_0 xz pkgs/main/linux-64::xz-5.2.4-h14c3975_4 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages libstdcxx-ng-9.1.0 | 4.0 MB | ############################################################ | 100% libdeflate-1.2 | 63 KB | ############################################################ | 100% bzip2-1.0.8 | 105 KB | ############################################################ | 100% libssh2-1.8.2 | 250 KB | ############################################################ | 100% samtools-1.9 | 299 KB | ############################################################ | 100% krb5-1.16.4 | 1.4 MB | ############################################################ | 100% libcurl-7.67.0 | 576 KB | ############################################################ | 100% curl-7.67.0 | 145 KB | ############################################################ | 100% htslib-1.9 | 1.2 MB | ############################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done (my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install picard Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK added / updated specs: - picard The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- _r-mutex-1.0.0 | anacondar_1 2 KB binutils_impl_linux-64-2.33.1| he6710b0_7 8.6 MB binutils_linux-64-2.33.1 | h9595d00_15 24 KB bwidget-1.9.11 | 1 113 KB gcc_impl_linux-64-7.3.0 | habb00fd_1 73.2 MB gcc_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 25 KB gfortran_impl_linux-64-7.3.0| hdf63c60_1 9.0 MB gfortran_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 25 KB glib-2.63.1 | h5a9c865_0 3.4 MB gsl-2.4 | h14c3975_4 2.6 MB gxx_impl_linux-64-7.3.0 | hdf63c60_1 18.7 MB gxx_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 25 KB ld_impl_linux-64-2.33.1 | h53a641e_7 645 KB libpng-1.6.37 | hbc83047_0 364 KB libtiff-4.1.0 | h2733197_0 589 KB libxml2-2.9.9 | hea5a465_1 2.0 MB make-4.2.1 | h1bed415_1 429 KB openjdk-8.0.152 | h46b5887_1 128.6 MB picard-2.21.7 | 0 14.7 MB bioconda r-base-3.6.1 | h9bb98a2_1 39.7 MB tktable-2.10 | h14c3975_0 88 KB ------------------------------------------------------------ Total: 302.7 MB The following NEW packages will be INSTALLED: _r-mutex pkgs/r/linux-64::_r-mutex-1.0.0-anacondar_1 binutils_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::binutils_impl_linux-64-2.33.1-he6710b0_7 binutils_linux-64 pkgs/main/linux-64::binutils_linux-64-2.33.1-h9595d00_15 bwidget pkgs/main/linux-64::bwidget-1.9.11-1 cairo pkgs/main/linux-64::cairo-1.14.12-h8948797_3 fontconfig pkgs/main/linux-64::fontconfig-2.13.0-h9420a91_0 freetype pkgs/main/linux-64::freetype-2.9.1-h8a8886c_1 fribidi pkgs/main/linux-64::fribidi-1.0.5-h7b6447c_0 gcc_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::gcc_impl_linux-64-7.3.0-habb00fd_1 gcc_linux-64 pkgs/main/linux-64::gcc_linux-64-7.3.0-h553295d_15 gfortran_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::gfortran_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1 gfortran_linux-64 pkgs/main/linux-64::gfortran_linux-64-7.3.0-h553295d_15 glib pkgs/main/linux-64::glib-2.63.1-h5a9c865_0 graphite2 pkgs/main/linux-64::graphite2-1.3.13-h23475e2_0 gsl pkgs/main/linux-64::gsl-2.4-h14c3975_4 gxx_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::gxx_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1 gxx_linux-64 pkgs/main/linux-64::gxx_linux-64-7.3.0-h553295d_15 harfbuzz pkgs/main/linux-64::harfbuzz-1.8.8-hffaf4a1_0 icu pkgs/main/linux-64::icu-58.2-h9c2bf20_1 jpeg pkgs/main/linux-64::jpeg-9b-h024ee3a_2 ld_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.33.1-h53a641e_7 libffi pkgs/main/linux-64::libffi-3.2.1-hd88cf55_4 libgfortran-ng pkgs/main/linux-64::libgfortran-ng-7.3.0-hdf63c60_0 libpng pkgs/main/linux-64::libpng-1.6.37-hbc83047_0 libtiff pkgs/main/linux-64::libtiff-4.1.0-h2733197_0 libuuid pkgs/main/linux-64::libuuid-1.0.3-h1bed415_2 libxcb pkgs/main/linux-64::libxcb-1.13-h1bed415_1 libxml2 pkgs/main/linux-64::libxml2-2.9.9-hea5a465_1 make pkgs/main/linux-64::make-4.2.1-h1bed415_1 openjdk pkgs/main/linux-64::openjdk-8.0.152-h46b5887_1 pango pkgs/main/linux-64::pango-1.42.4-h049681c_0 pcre pkgs/main/linux-64::pcre-8.43-he6710b0_0 picard bioconda/noarch::picard-2.21.7-0 pixman pkgs/main/linux-64::pixman-0.38.0-h7b6447c_0 r-base pkgs/r/linux-64::r-base-3.6.1-h9bb98a2_1 readline pkgs/main/linux-64::readline-7.0-h7b6447c_5 tktable pkgs/main/linux-64::tktable-2.10-h14c3975_0 zstd pkgs/main/linux-64::zstd-1.3.7-h0b5b093_0 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages tktable-2.10 | 88 KB | ############################################################ | 100% gcc_linux-64-7.3.0 | 25 KB | ############################################################ | 100% openjdk-8.0.152 | 128.6 MB | ############################################################ | 100% gfortran_impl_linux- | 9.0 MB | ############################################################ | 100% libpng-1.6.37 | 364 KB | ############################################################ | 100% libxml2-2.9.9 | 2.0 MB | ############################################################ | 100% gcc_impl_linux-64-7. | 73.2 MB | ############################################################ | 100% picard-2.21.7 | 14.7 MB | ############################################################ | 100% gsl-2.4 | 2.6 MB | ############################################################ | 100% r-base-3.6.1 | 39.7 MB | ############################################################ | 100% ld_impl_linux-64-2.3 | 645 KB | ############################################################ | 100% _r-mutex-1.0.0 | 2 KB | ############################################################ | 100% bwidget-1.9.11 | 113 KB | ############################################################ | 100% make-4.2.1 | 429 KB | ############################################################ | 100% glib-2.63.1 | 3.4 MB | ############################################################ | 100% gxx_linux-64-7.3.0 | 25 KB | ############################################################ | 100% binutils_linux-64-2. | 24 KB | ############################################################ | 100% gxx_impl_linux-64-7. | 18.7 MB | ############################################################ | 100% gfortran_linux-64-7. | 25 KB | ############################################################ | 100% libtiff-4.1.0 | 589 KB | ############################################################ | 100% binutils_impl_linux- | 8.6 MB | ############################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done]]> Rahul Nayak