https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40805/bash-command-to-install-gatk-bedtools-and-snpeff? https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40805/bash-command-to-install-gatk-bedtools-and-snpeff Sat, 01 Feb 2020 02:29:09 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40805/bash-command-to-install-gatk-bedtools-and-snpeff (my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install gatk Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK added / updated specs: - gatk The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- certifi-2019.11.28 | py38_0 156 KB gatk-3.8 | 7 8 KB bioconda pip-20.0.2 | py38_1 1.9 MB python-3.8.1 | h0371630_1 57.8 MB r-assertthat-0.2.1 | r36h6115d3f_0 74 KB r-bitops-1.0_6 | r36h96ca727_4 34 KB r-catools-1.17.1.2 | r36h29659fb_0 223 KB r-cli-1.1.0 | r36h6115d3f_0 189 KB r-colorspace-1.4_1 | r36h96ca727_0 2.5 MB r-crayon-1.3.4 | r36h6115d3f_0 757 KB r-dichromat-2.0_0 | r36h6115d3f_4 163 KB r-digest-0.6.18 | r36h96ca727_0 155 KB r-fansi-0.4.0 | r36h96ca727_0 193 KB r-gdata-2.18.0 | r36h6115d3f_0 1.1 MB r-ggplot2-3.1.1 | r36h6115d3f_0 3.6 MB r-glue-1.3.1 | r36h96ca727_0 165 KB r-gplots-3.0.1.1 | r36h6115d3f_0 699 KB r-gsalib-2.1 | r36h6115d3f_0 31 KB r-gtable-0.3.0 | r36h6115d3f_0 425 KB r-gtools-3.8.1 | r36h96ca727_0 325 KB r-kernsmooth-2.23_15 | r36ha65eedd_4 102 KB r-labeling-0.3 | r36h6115d3f_4 71 KB r-lattice-0.20_38 | r36h96ca727_0 1.1 MB r-lazyeval-0.2.2 | r36h96ca727_0 164 KB r-magrittr-1.5 | r36h6115d3f_4 173 KB r-mass-7.3_51.3 | r36h96ca727_0 1.1 MB r-matrix-1.2_17 | r36h96ca727_0 3.8 MB r-mgcv-1.8_28 | r36h96ca727_0 2.6 MB r-munsell-0.5.0 | r36h6115d3f_0 254 KB r-nlme-3.1_139 | r36ha65eedd_0 2.2 MB r-pillar-1.3.1 | r36h6115d3f_0 180 KB r-pkgconfig-2.0.2 | r36h6115d3f_0 25 KB r-plyr-1.8.4 | r36h29659fb_0 815 KB r-r6-2.4.0 | r36h6115d3f_0 68 KB r-rcolorbrewer-1.1_2 | r36h6115d3f_0 62 KB r-rcpp-1.0.1 | r36h29659fb_0 3.3 MB r-reshape-0.8.8 | r36h6115d3f_0 174 KB r-reshape2-1.4.3 | r36h29659fb_0 129 KB r-rlang-0.3.4 | r36h96ca727_0 1.0 MB r-scales-1.0.0 | r36h29659fb_0 580 KB r-stringi-1.4.3 | r36h29659fb_0 773 KB r-stringr-1.4.0 | r36h6115d3f_0 221 KB r-tibble-2.1.1 | r36h96ca727_0 316 KB r-utf8-1.1.4 | r36h96ca727_0 159 KB r-viridislite-0.3.0 | r36h6115d3f_0 66 KB r-withr-2.1.2 | r36h6115d3f_0 181 KB setuptools-45.1.0 | py38_0 657 KB sqlite-3.30.1 | h7b6447c_0 1.9 MB wheel-0.34.1 | py38_0 49 KB ------------------------------------------------------------ Total: 92.5 MB The following NEW packages will be INSTALLED: certifi pkgs/main/linux-64::certifi-2019.11.28-py38_0 gatk bioconda/noarch::gatk-3.8-7 pip pkgs/main/linux-64::pip-20.0.2-py38_1 python pkgs/main/linux-64::python-3.8.1-h0371630_1 r-assertthat pkgs/r/noarch::r-assertthat-0.2.1-r36h6115d3f_0 r-bitops pkgs/r/linux-64::r-bitops-1.0_6-r36h96ca727_4 r-catools pkgs/r/linux-64::r-catools-1.17.1.2-r36h29659fb_0 r-cli pkgs/r/noarch::r-cli-1.1.0-r36h6115d3f_0 r-colorspace pkgs/r/linux-64::r-colorspace-1.4_1-r36h96ca727_0 r-crayon pkgs/r/noarch::r-crayon-1.3.4-r36h6115d3f_0 r-dichromat pkgs/r/noarch::r-dichromat-2.0_0-r36h6115d3f_4 r-digest pkgs/r/linux-64::r-digest-0.6.18-r36h96ca727_0 r-fansi pkgs/r/linux-64::r-fansi-0.4.0-r36h96ca727_0 r-gdata pkgs/r/noarch::r-gdata-2.18.0-r36h6115d3f_0 r-ggplot2 pkgs/r/noarch::r-ggplot2-3.1.1-r36h6115d3f_0 r-glue pkgs/r/linux-64::r-glue-1.3.1-r36h96ca727_0 r-gplots pkgs/r/noarch::r-gplots-3.0.1.1-r36h6115d3f_0 r-gsalib pkgs/r/noarch::r-gsalib-2.1-r36h6115d3f_0 r-gtable pkgs/r/noarch::r-gtable-0.3.0-r36h6115d3f_0 r-gtools pkgs/r/linux-64::r-gtools-3.8.1-r36h96ca727_0 r-kernsmooth pkgs/r/linux-64::r-kernsmooth-2.23_15-r36ha65eedd_4 r-labeling pkgs/r/noarch::r-labeling-0.3-r36h6115d3f_4 r-lattice pkgs/r/linux-64::r-lattice-0.20_38-r36h96ca727_0 r-lazyeval pkgs/r/linux-64::r-lazyeval-0.2.2-r36h96ca727_0 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bedtools-2.29.2 | 13.8 MB | ############################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done (my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install SnpEff Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK added / updated specs: - snpeff The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- snpeff-4.3.1t | 3 19.7 MB bioconda ------------------------------------------------------------ Total: 19.7 MB The following NEW packages will be INSTALLED: snpeff bioconda/noarch::snpeff-4.3.1t-3 Proceed ([y]/n)? t Invalid choice: t Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages snpeff-4.3.1t | 19.7 MB | ############################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done]]> Rahul Nayak