https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40976/update-conda? https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40976/update-conda Mon, 10 Feb 2020 04:06:25 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/40976/update-conda (my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 testGATK]$ conda update -n base -c defaults conda Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/miniconda3 added / updated specs: - conda The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- asn1crypto-1.3.0 | py37_0 164 KB ca-certificates-2020.1.1 | 0 125 KB certifi-2019.11.28 | py37_0 153 KB cffi-1.13.2 | py37h2e261b9_0 224 KB conda-4.8.2 | py37_0 2.8 MB pip-20.0.2 | py37_1 1.7 MB pycosat-0.6.3 | py37h7b6447c_0 82 KB pyopenssl-19.1.0 | py37_0 87 KB requests-2.22.0 | py37_1 92 KB ruamel_yaml-0.15.87 | py37h7b6447c_0 256 KB setuptools-45.1.0 | py37_0 511 KB six-1.14.0 | py37_0 27 KB sqlite-3.31.1 | h7b6447c_0 1.1 MB tqdm-4.42.0 | py_0 55 KB urllib3-1.25.8 | py37_0 169 KB wheel-0.34.2 | py37_0 51 KB ------------------------------------------------------------ Total: 7.5 MB The following packages will be UPDATED: asn1crypto 1.2.0-py37_0 --> 1.3.0-py37_0 ca-certificates 2019.10.16-0 --> 2020.1.1-0 certifi 2019.9.11-py37_0 --> 2019.11.28-py37_0 cffi 1.13.0-py37h2e261b9_0 --> 1.13.2-py37h2e261b9_0 conda 4.7.12-py37_0 --> 4.8.2-py37_0 pip 19.3.1-py37_0 --> 20.0.2-py37_1 pyopenssl 19.0.0-py37_0 --> 19.1.0-py37_0 requests 2.22.0-py37_0 --> 2.22.0-py37_1 ruamel_yaml 0.15.46-py37h14c3975_0 --> 0.15.87-py37h7b6447c_0 setuptools 41.4.0-py37_0 --> 45.1.0-py37_0 six 1.12.0-py37_0 --> 1.14.0-py37_0 sqlite 3.30.0-h7b6447c_0 --> 3.31.1-h7b6447c_0 tqdm 4.36.1-py_0 --> 4.42.0-py_0 urllib3 1.24.2-py37_0 --> 1.25.8-py37_0 wheel 0.33.6-py37_0 --> 0.34.2-py37_0 The following packages will be DOWNGRADED: pycosat 0.6.3-py37h14c3975_0 --> 0.6.3-py37h7b6447c_0 Proceed ([y]/n)? Y Downloading and Extracting Packages six-1.14.0 | 27 KB | ####################################################################################################### | 100% ruamel_yaml-0.15.87 | 256 KB | ####################################################################################################### | 100% ca-certificates-2020 | 125 KB | ####################################################################################################### | 100% conda-4.8.2 | 2.8 MB | ####################################################################################################### | 100% sqlite-3.31.1 | 1.1 MB | ####################################################################################################### | 100% certifi-2019.11.28 | 153 KB | ####################################################################################################### | 100% urllib3-1.25.8 | 169 KB | ####################################################################################################### | 100% pyopenssl-19.1.0 | 87 KB | ####################################################################################################### | 100% asn1crypto-1.3.0 | 164 KB | ####################################################################################################### | 100% pip-20.0.2 | 1.7 MB | ####################################################################################################### | 100% wheel-0.34.2 | 51 KB | ####################################################################################################### | 100% setuptools-45.1.0 | 511 KB | ####################################################################################################### | 100% tqdm-4.42.0 | 55 KB | ####################################################################################################### | 100% pycosat-0.6.3 | 82 KB | ####################################################################################################### | 100% cffi-1.13.2 | 224 KB | ####################################################################################################### | 100% requests-2.22.0 | 92 KB | ####################################################################################################### | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done]]> Rahul Nayak