https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43080/install-grabseqs-using-conda? https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43080/install-grabseqs-using-conda Wed, 16 Jun 2021 02:34:39 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43080/install-grabseqs-using-conda vik@vik-Lenovo-ideapad-320-15ISK:~/Downloads/setu/setu$ conda install grabseqs -c louiejtaylor -c bioconda -c conda-forge Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.9.2 latest version: 4.10.1 Please update conda by running $ conda update -n base -c defaults conda ## Package Plan ## environment location: /home/vik/anaconda3/envs/vikENV added / updated specs: - grabseqs The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- _openmp_mutex-4.5 | 1_gnu 22 KB conda-forge beautifulsoup4-4.9.3 | pyhb0f4dca_0 86 KB conda-forge c-ares-1.17.1 | h7f98852_1 109 KB conda-forge ca-certificates-2021.5.30 | ha878542_0 136 KB conda-forge certifi-2021.5.30 | py37h89c1867_0 141 KB conda-forge cffi-1.14.5 | py37hc58025e_0 225 KB conda-forge cryptography-3.4.7 | py37h5d9358c_0 1.1 MB conda-forge cssselect-1.1.0 | py_0 18 KB conda-forge curl-7.77.0 | hea6ffbf_0 149 KB conda-forge fake-useragent-0.1.11 | py37_0 19 KB louiejtaylor grabseqs-0.7.0 | py37_0 22 KB louiejtaylor hdf5-1.10.6 |nompi_h6a2412b_1114 3.1 MB conda-forge icu-68.1 | h58526e2_0 13.0 MB conda-forge krb5-1.19.1 | hcc1bbae_0 1.4 MB conda-forge libblas-3.9.0 | 9_openblas 11 KB conda-forge libcblas-3.9.0 | 9_openblas 11 KB conda-forge libcurl-7.77.0 | h2574ce0_0 334 KB conda-forge libgcc-ng-9.3.0 | h2828fa1_19 7.8 MB conda-forge libgfortran-ng-9.3.0 | hff62375_19 22 KB conda-forge libgfortran5-9.3.0 | hff62375_19 2.0 MB conda-forge libgomp-9.3.0 | h2828fa1_19 376 KB conda-forge libidn2-2.3.1 | h7f98852_0 97 KB conda-forge liblapack-3.9.0 | 9_openblas 11 KB conda-forge libopenblas-0.3.15 |pthreads_h8fe5266_1 9.2 MB conda-forge libssh2-1.9.0 | ha56f1ee_6 226 KB conda-forge libstdcxx-ng-9.3.0 | h6de172a_19 4.0 MB conda-forge libxml2-2.9.12 | h72842e0_0 772 KB conda-forge libxslt-1.1.33 | h15afd5d_2 522 KB conda-forge lxml-4.6.3 | py37h77fd288_0 1.5 MB conda-forge ncbi-ngs-sdk-2.11.0 | hff44eed_0 167 KB bioconda numpy-1.20.3 | py37h038b26d_1 5.7 MB conda-forge openssl-1.1.1k | h7f98852_0 2.1 MB conda-forge ossuuid-1.6.2 | hf484d3e_1000 56 KB conda-forge pandas-1.2.4 | py37h219a48f_0 11.8 MB conda-forge parse-1.19.0 | pyh44b312d_0 22 KB conda-forge perl-xml-libxml-2.0132 | pl526h7ec2d77_1 260 KB bioconda pigz-2.6 | h27826a3_0 87 KB conda-forge pip-21.1.2 | pyhd8ed1ab_0 1.1 MB conda-forge pyee-7.0.4 | pyh9f0ad1d_0 14 KB conda-forge pyppeteer-0.2.2 | py_1 104 KB conda-forge pyquery-1.4.3 | pyhd8ed1ab_0 23 KB conda-forge python-3.7.10 |hffdb5ce_100_cpython 57.3 MB conda-forge pytz-2021.1 | pyhd8ed1ab_0 239 KB conda-forge readline-8.1 | h46c0cb4_0 295 KB conda-forge requests_html-0.10.0 | py37_1 23 KB louiejtaylor six-1.16.0 | pyh6c4a22f_0 14 KB conda-forge soupsieve-2.0.1 | py_1 30 KB conda-forge sqlite-3.35.5 | h74cdb3f_0 1.4 MB conda-forge sra-tools-2.11.0 | pl5262h314213e_0 64.5 MB bioconda tqdm-4.61.1 | pyhd8ed1ab_0 79 KB conda-forge urllib3-1.26.5 | pyhd8ed1ab_0 99 KB conda-forge w3lib-1.22.0 | pyh9f0ad1d_0 21 KB conda-forge websockets-8.1 | py37h5e8e339_3 90 KB conda-forge ------------------------------------------------------------ Total: 191.9 MB The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge _openmp_mutex conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-1_gnu appdirs conda-forge/noarch::appdirs-1.4.4-pyh9f0ad1d_0 beautifulsoup4 conda-forge/noarch::beautifulsoup4-4.9.3-pyhb0f4dca_0 brotlipy conda-forge/linux-64::brotlipy-0.7.0-py37h5e8e339_1001 c-ares conda-forge/linux-64::c-ares-1.17.1-h7f98852_1 ca-certificates conda-forge/linux-64::ca-certificates-2021.5.30-ha878542_0 certifi conda-forge/linux-64::certifi-2021.5.30-py37h89c1867_0 cffi conda-forge/linux-64::cffi-1.14.5-py37hc58025e_0 chardet conda-forge/linux-64::chardet-4.0.0-py37h89c1867_1 cryptography conda-forge/linux-64::cryptography-3.4.7-py37h5d9358c_0 cssselect conda-forge/noarch::cssselect-1.1.0-py_0 curl conda-forge/linux-64::curl-7.77.0-hea6ffbf_0 fake-useragent louiejtaylor/linux-64::fake-useragent-0.1.11-py37_0 gettext conda-forge/linux-64::gettext-0.19.8.1-h0b5b191_1005 grabseqs louiejtaylor/linux-64::grabseqs-0.7.0-py37_0 hdf5 conda-forge/linux-64::hdf5-1.10.6-nompi_h6a2412b_1114 icu conda-forge/linux-64::icu-68.1-h58526e2_0 idna conda-forge/noarch::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0 krb5 conda-forge/linux-64::krb5-1.19.1-hcc1bbae_0 ld_impl_linux-64 conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.35.1-hea4e1c9_2 libblas conda-forge/linux-64::libblas-3.9.0-9_openblas libcblas conda-forge/linux-64::libcblas-3.9.0-9_openblas libcurl conda-forge/linux-64::libcurl-7.77.0-h2574ce0_0 libedit conda-forge/linux-64::libedit-3.1.20191231-he28a2e2_2 libev conda-forge/linux-64::libev-4.33-h516909a_1 libffi conda-forge/linux-64::libffi-3.3-h58526e2_2 libgcc-ng conda-forge/linux-64::libgcc-ng-9.3.0-h2828fa1_19 libgfortran-ng conda-forge/linux-64::libgfortran-ng-9.3.0-hff62375_19 libgfortran5 conda-forge/linux-64::libgfortran5-9.3.0-hff62375_19 libgomp conda-forge/linux-64::libgomp-9.3.0-h2828fa1_19 libiconv conda-forge/linux-64::libiconv-1.16-h516909a_0 libidn2 conda-forge/linux-64::libidn2-2.3.1-h7f98852_0 liblapack conda-forge/linux-64::liblapack-3.9.0-9_openblas libnghttp2 conda-forge/linux-64::libnghttp2-1.43.0-h812cca2_0 libopenblas conda-forge/linux-64::libopenblas-0.3.15-pthreads_h8fe5266_1 libssh2 conda-forge/linux-64::libssh2-1.9.0-ha56f1ee_6 libstdcxx-ng conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-9.3.0-h6de172a_19 libunistring conda-forge/linux-64::libunistring-0.9.10-h14c3975_0 libxml2 conda-forge/linux-64::libxml2-2.9.12-h72842e0_0 libxslt conda-forge/linux-64::libxslt-1.1.33-h15afd5d_2 lxml conda-forge/linux-64::lxml-4.6.3-py37h77fd288_0 ncbi-ngs-sdk bioconda/linux-64::ncbi-ngs-sdk-2.11.0-hff44eed_0 ncurses conda-forge/linux-64::ncurses-6.2-h58526e2_4 numpy conda-forge/linux-64::numpy-1.20.3-py37h038b26d_1 openssl conda-forge/linux-64::openssl-1.1.1k-h7f98852_0 ossuuid conda-forge/linux-64::ossuuid-1.6.2-hf484d3e_1000 pandas conda-forge/linux-64::pandas-1.2.4-py37h219a48f_0 parse conda-forge/noarch::parse-1.19.0-pyh44b312d_0 perl conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h36c2ea0_1008 perl-app-cpanminus bioconda/linux-64::perl-app-cpanminus-1.7044-pl526_1 perl-business-isbn bioconda/linux-64::perl-business-isbn-3.004-pl526_0 perl-business-isb~ bioconda/linux-64::perl-business-isbn-data-20140910.003-pl526_0 perl-carp bioconda/linux-64::perl-carp-1.38-pl526_3 perl-constant bioconda/linux-64::perl-constant-1.33-pl526_1 perl-data-dumper bioconda/linux-64::perl-data-dumper-2.173-pl526_0 perl-encode bioconda/linux-64::perl-encode-2.88-pl526_1 perl-exporter bioconda/linux-64::perl-exporter-5.72-pl526_1 perl-extutils-mak~ bioconda/linux-64::perl-extutils-makemaker-7.36-pl526_1 perl-file-path bioconda/linux-64::perl-file-path-2.16-pl526_0 perl-file-temp bioconda/linux-64::perl-file-temp-0.2304-pl526_2 perl-mime-base64 bioconda/linux-64::perl-mime-base64-3.15-pl526_1 perl-parent bioconda/linux-64::perl-parent-0.236-pl526_1 perl-uri bioconda/linux-64::perl-uri-1.76-pl526_0 perl-xml-libxml bioconda/linux-64::perl-xml-libxml-2.0132-pl526h7ec2d77_1 perl-xml-namespac~ bioconda/linux-64::perl-xml-namespacesupport-1.12-pl526_0 perl-xml-sax bioconda/noarch::perl-xml-sax-1.02-pl526_0 perl-xml-sax-base bioconda/linux-64::perl-xml-sax-base-1.09-pl526_0 perl-xsloader bioconda/linux-64::perl-xsloader-0.24-pl526_0 pigz conda-forge/linux-64::pigz-2.6-h27826a3_0 pip conda-forge/noarch::pip-21.1.2-pyhd8ed1ab_0 pycparser conda-forge/noarch::pycparser-2.20-pyh9f0ad1d_2 pyee conda-forge/noarch::pyee-7.0.4-pyh9f0ad1d_0 pyopenssl conda-forge/noarch::pyopenssl-20.0.1-pyhd8ed1ab_0 pyppeteer conda-forge/noarch::pyppeteer-0.2.2-py_1 pyquery conda-forge/noarch::pyquery-1.4.3-pyhd8ed1ab_0 pysocks conda-forge/linux-64::pysocks-1.7.1-py37h89c1867_3 python conda-forge/linux-64::python-3.7.10-hffdb5ce_100_cpython python-dateutil conda-forge/noarch::python-dateutil-2.8.1-py_0 python_abi conda-forge/linux-64::python_abi-3.7-1_cp37m pytz conda-forge/noarch::pytz-2021.1-pyhd8ed1ab_0 readline conda-forge/linux-64::readline-8.1-h46c0cb4_0 requests conda-forge/noarch::requests-2.25.1-pyhd3deb0d_0 requests_html louiejtaylor/linux-64::requests_html-0.10.0-py37_1 setuptools conda-forge/linux-64::setuptools-49.6.0-py37h89c1867_3 six conda-forge/noarch::six-1.16.0-pyh6c4a22f_0 soupsieve conda-forge/noarch::soupsieve-2.0.1-py_1 sqlite conda-forge/linux-64::sqlite-3.35.5-h74cdb3f_0 sra-tools bioconda/linux-64::sra-tools-2.11.0-pl5262h314213e_0 tk conda-forge/linux-64::tk-8.6.10-h21135ba_1 tqdm conda-forge/noarch::tqdm-4.61.1-pyhd8ed1ab_0 urllib3 conda-forge/noarch::urllib3-1.26.5-pyhd8ed1ab_0 w3lib conda-forge/noarch::w3lib-1.22.0-pyh9f0ad1d_0 websockets conda-forge/linux-64::websockets-8.1-py37h5e8e339_3 wget conda-forge/linux-64::wget-1.20.1-h22169c7_0 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.36.2-pyhd3deb0d_0 xz conda-forge/linux-64::xz-5.2.5-h516909a_1 zlib conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1010 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages libblas-3.9.0 | 11 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% certifi-2021.5.30 | 141 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% pip-21.1.2 | 1.1 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% pandas-1.2.4 | 11.8 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% requests_html-0.10.0 | 23 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% sra-tools-2.11.0 | 64.5 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% ossuuid-1.6.2 | 56 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% libxml2-2.9.12 | 772 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% websockets-8.1 | 90 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% lxml-4.6.3 | 1.5 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% w3lib-1.22.0 | 21 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% python-3.7.10 | 57.3 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% openssl-1.1.1k | 2.1 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% libcblas-3.9.0 | 11 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% soupsieve-2.0.1 | 30 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% urllib3-1.26.5 | 99 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% grabseqs-0.7.0 | 22 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% libstdcxx-ng-9.3.0 | 4.0 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% libopenblas-0.3.15 | 9.2 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% pigz-2.6 | 87 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% _openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% readline-8.1 | 295 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-ng-9.3.0 | 7.8 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% tqdm-4.61.1 | 79 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% ca-certificates-2021 | 136 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% cssselect-1.1.0 | 18 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% hdf5-1.10.6 | 3.1 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% libgfortran-ng-9.3.0 | 22 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% pyppeteer-0.2.2 | 104 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% c-ares-1.17.1 | 109 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% pytz-2021.1 | 239 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% sqlite-3.35.5 | 1.4 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% libxslt-1.1.33 | 522 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% numpy-1.20.3 | 5.7 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% fake-useragent-0.1.1 | 19 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% libidn2-2.3.1 | 97 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% parse-1.19.0 | 22 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% cryptography-3.4.7 | 1.1 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% cffi-1.14.5 | 225 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% perl-xml-libxml-2.01 | 260 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% icu-68.1 | 13.0 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% ncbi-ngs-sdk-2.11.0 | 167 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% libcurl-7.77.0 | 334 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% libgomp-9.3.0 | 376 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% libssh2-1.9.0 | 226 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% beautifulsoup4-4.9.3 | 86 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% curl-7.77.0 | 149 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% six-1.16.0 | 14 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% krb5-1.19.1 | 1.4 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% liblapack-3.9.0 | 11 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% pyee-7.0.4 | 14 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% pyquery-1.4.3 | 23 KB | ################################################################################################################################################################## | 100% libgfortran5-9.3.0 | 2.0 MB | ################################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done]]> LEGE