https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43561/installing-covid19-environment? https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43561/installing-covid19-environment Mon, 25 Oct 2021 00:56:35 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43561/installing-covid19-environment (base) vikas@vikas-Lenovo-ideapad-320-15ISK:~/vinodLab/Genepi$ conda env create -f covid19-environment.yml Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done Downloading and Extracting Packages sqlite-3.36.0 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% docutils-0.17.1 | 762 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kernel-headers_linux | 957 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pixman-0.40.0 | 627 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libtiff-4.2.0 | 590 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% llvm-meta-7.0.0 | 2 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% sed-4.8 | 264 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxau-1.0.9 | 13 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-xproto-7.0.31 | 73 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% joblib-1.1.0 | 210 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fonts-conda-forge-1 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% importlib-metadata-4 | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% typing_extensions-3. | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% datrie-0.8.2 | 152 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% rsync-3.2.3 | 312 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% setuptools-58.2.0 | 1008 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cffi-1.14.6 | 225 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-recordproto-1.1 | 8 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxext-1.3.4 | 54 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libzlib-1.2.11 | 59 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gxx_impl_linux-64-9. | 10.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fontconfig-2.13.1 | 357 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pthread-stubs-0.4 | 5 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% certifi-2021.10.8 | 144 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libcblas-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kraken2-2.1.2 | 208 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tk-8.6.11 | 3.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zlib-1.2.11 | 86 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% urllib3-1.26.7 | 100 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% ld_impl_linux-64-2.3 | 667 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% hisat2-2.2.1 | 16.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cairo-1.16.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxdmcp-1.1.3 | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _r-mutex-1.0.1 | 3 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pyopenssl-21.0.0 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% minimap2-2.22 | 483 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% krb5-1.19.2 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% font-ttf-ubuntu-0.83 | 1.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gitpython-3.1.24 | 122 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% font-ttf-source-code | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-inputproto-2.3. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libice-1.0.10 | 58 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-fixesproto-5.0 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gfortran_impl_linux- | 14.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% binutils_linux-64-2. | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fonts-conda-ecosyste | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-xextproto-7.3.0 | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% spades-3.15.3 | 48.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% binutils_impl_linux- | 10.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libstdcxx-devel_linu | 9.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tar-1.34 | 904 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% varscan-2.4.4 | 123 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% alsa-lib-1.2.3 | 560 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% curl-7.79.1 | 153 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% picard-2.26.3 | 16.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% lz4-c-1.9.3 | 179 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libwebp-base-1.2.0 | 815 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wget-1.20.3 | 804 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python_abi-3.7 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% git-2.33.1 | 13.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% perl-xml-parser-2.44 | 165 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxfixes-5.0.3 | 18 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% simplejson-3.17.5 | 103 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% krona-2.8 | 154 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% mafft-7.487 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% liblapack-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libstdcxx-ng-11.2.0 | 4.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% r-base-3.6.3 | 23.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxrender-0.9. | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fribidi-1.0.10 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kiwisolver-1.3.2 | 78 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python-3.7.10 | 57.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cryptography-35.0.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pyyaml-6.0 | 188 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gitdb-4.0.9 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgfortran-ng-11.2. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libssh2-1.10.0 | 233 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxtst-1.2.3 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zipp-3.6.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% sysroot_linux-64-2.1 | 34.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libopenblas-0.3.18 | 9.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% perl-gd-2.68 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wrapt-1.13.2 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tktable-2.10 | 89 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% numpy-1.21.3 | 6.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libglib-2.70.0 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-ng-11.2.0 | 887 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% expat-2.4.1 | 182 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgomp-11.2.0 | 427 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% jsonschema-4.1.2 | 54 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openmp-7.0.0 | 396 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gcc_impl_linux-64-9. | 45.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openjdk-11.0.9.1 | 173.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% c-ares-1.17.2 | 109 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gcc_linux-64-9.4.0 | 24 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% matplotlib-base-3.4. | 7.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pango-1.48.10 | 400 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pillow-8.2.0 | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% attrs-21.2.0 | 44 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zstd-1.5.0 | 490 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxi-1.7.10 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libnghttp2-1.43.0 | 790 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python-dateutil-2.8. | 240 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% seqtk-1.3 | 38 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gxx_linux-64-9.4.0 | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libnsl-2.0.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _sysroot_linux-64_cu | 14 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pcre-8.45 | 253 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openjpeg-2.4.0 | 444 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libxcb-1.13 | 395 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-devel_linux-6 | 4.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgd-2.3.2 | 299 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% make-4.3 | 507 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openssl-1.1.1l | 2.1 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% bwidget-1.9.14 | 120 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gfortran_linux-64-9. | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgfortran5-11.2.0 | 1.7 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libidn2-2.3.2 | 98 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libsm-1.2.3 | 26 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libunistring-0.9.10 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-renderproto-0.1 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% configargparse-1.5.3 | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pip-21.3.1 | 1.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% quast-5.0.2 | 18.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wheel-0.37.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libffi-3.4.2 | 57 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% font-ttf-inconsolata | 94 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% entrez-direct-15.6 | 7.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% graphite2-1.3.13 | 102 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-kbproto-1.0.7 | 27 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% ca-certificates-2021 | 139 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gettext-0.19.8.1 | 3.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libsanitizer-9.4.0 | 6.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libblas-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libcurl-7.79.1 | 335 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% bedtools-2.30.0 | 17.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pcre2-10.37 | 1.1 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libx11-1.7.2 | 941 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% biopython-1.74 | 2.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% blast-2.12.0 | 22.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% harfbuzz-2.9.1 | 2.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: \ Krona installed. You still need to manually update the taxonomy databases before Krona can generate taxonomic reports. The update script is ktUpdateTaxonomy.sh. The default location for storing taxonomic databases is /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy If you would like the taxonomic data stored elsewhere, simply replace this directory with a symlink. For example: rm -rf /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy mkdir /path/on/big/disk/taxonomy ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy ktUpdateTaxonomy.sh \ The default QUAST package does not include: * GRIDSS (needed for structural variants detection) * SILVA 16S rRNA database (needed for reference genome detection in metagenomic datasets) * BUSCO tools and databases (needed for searching BUSCO genes) -- works in Linux only! To be able to use those, please run quast-download-gridss quast-download-silva quast-download-busco done # # To activate this environment, use # # $ conda activate covid19-genepi # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate]]> Surabhi Chaudhary