https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43731/install-mgsc-on-ubuntu? https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43731/install-mgsc-on-ubuntu Mon, 31 Jan 2022 07:50:56 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43731/install-mgsc-on-ubuntu (abhiENV) [abhi@hn1 output_OM824]$ conda create -n mgsc python=3.6 graphviz numpy Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /home/abhi/anaconda3/envs/mgsc added / updated specs: - graphviz - numpy - python=3.6 The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- _openmp_mutex-4.5 | 1_gnu 22 KB cairo-1.14.12 | h7636065_2 905 KB fontconfig-2.12.6 | h49f89f6_0 221 KB freetype-2.8 | hab7d2ae_1 542 KB glib-2.69.1 | h4ff587b_1 1.7 MB graphviz-2.40.1 | h25d223c_0 6.5 MB harfbuzz-1.7.6 | h5f0a787_1 474 KB intel-openmp-2022.0.1 | h06a4308_3633 4.2 MB pango-1.42.0 | h377f3fa_0 458 KB pixman-0.40.0 | h7f8727e_1 373 KB readline-8.1.2 | h7f8727e_1 354 KB sqlite-3.37.0 | hc218d9a_0 999 KB wheel-0.37.1 | pyhd3eb1b0_0 33 KB zlib-1.2.11 | h7f8727e_4 108 KB ------------------------------------------------------------ Total: 16.8 MB The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex pkgs/main/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-main _openmp_mutex pkgs/main/linux-64::_openmp_mutex-4.5-1_gnu blas pkgs/main/linux-64::blas-1.0-mkl ca-certificates pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2021.10.26-h06a4308_2 cairo pkgs/main/linux-64::cairo-1.14.12-h7636065_2 certifi pkgs/main/linux-64::certifi-2021.5.30-py36h06a4308_0 expat pkgs/main/linux-64::expat-2.4.1-h2531618_2 fontconfig pkgs/main/linux-64::fontconfig-2.12.6-h49f89f6_0 freetype pkgs/main/linux-64::freetype-2.8-hab7d2ae_1 fribidi pkgs/main/linux-64::fribidi-1.0.10-h7b6447c_0 glib pkgs/main/linux-64::glib-2.69.1-h4ff587b_1 graphite2 pkgs/main/linux-64::graphite2-1.3.14-h23475e2_0 graphviz pkgs/main/linux-64::graphviz-2.40.1-h25d223c_0 harfbuzz pkgs/main/linux-64::harfbuzz-1.7.6-h5f0a787_1 icu pkgs/main/linux-64::icu-58.2-he6710b0_3 intel-openmp pkgs/main/linux-64::intel-openmp-2022.0.1-h06a4308_3633 jpeg pkgs/main/linux-64::jpeg-9d-h7f8727e_0 ld_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.35.1-h7274673_9 libffi pkgs/main/linux-64::libffi-3.3-he6710b0_2 libgcc-ng pkgs/main/linux-64::libgcc-ng-9.3.0-h5101ec6_17 libgomp pkgs/main/linux-64::libgomp-9.3.0-h5101ec6_17 libpng pkgs/main/linux-64::libpng-1.6.37-hbc83047_0 libstdcxx-ng pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-9.3.0-hd4cf53a_17 libtiff pkgs/main/linux-64::libtiff-4.2.0-h85742a9_0 libtool pkgs/main/linux-64::libtool-2.4.6-h7b6447c_1005 libwebp-base pkgs/main/linux-64::libwebp-base-1.2.0-h27cfd23_0 libxcb pkgs/main/linux-64::libxcb-1.14-h7b6447c_0 libxml2 pkgs/main/linux-64::libxml2-2.9.12-h03d6c58_0 lz4-c pkgs/main/linux-64::lz4-c-1.9.3-h295c915_1 mkl pkgs/main/linux-64::mkl-2020.2-256 mkl-service pkgs/main/linux-64::mkl-service-2.3.0-py36he8ac12f_0 mkl_fft pkgs/main/linux-64::mkl_fft-1.3.0-py36h54f3939_0 mkl_random pkgs/main/linux-64::mkl_random-1.1.1-py36h0573a6f_0 ncurses pkgs/main/linux-64::ncurses-6.3-h7f8727e_2 numpy pkgs/main/linux-64::numpy-1.19.2-py36h54aff64_0 numpy-base pkgs/main/linux-64::numpy-base-1.19.2-py36hfa32c7d_0 openssl pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1m-h7f8727e_0 pango pkgs/main/linux-64::pango-1.42.0-h377f3fa_0 pcre pkgs/main/linux-64::pcre-8.45-h295c915_0 pip pkgs/main/linux-64::pip-21.2.2-py36h06a4308_0 pixman pkgs/main/linux-64::pixman-0.40.0-h7f8727e_1 python pkgs/main/linux-64::python-3.6.13-h12debd9_1 readline pkgs/main/linux-64::readline-8.1.2-h7f8727e_1 setuptools pkgs/main/linux-64::setuptools-58.0.4-py36h06a4308_0 six pkgs/main/noarch::six-1.16.0-pyhd3eb1b0_0 sqlite pkgs/main/linux-64::sqlite-3.37.0-hc218d9a_0 tk pkgs/main/linux-64::tk-8.6.11-h1ccaba5_0 wheel pkgs/main/noarch::wheel-0.37.1-pyhd3eb1b0_0 xz pkgs/main/linux-64::xz-5.2.5-h7b6447c_0 zlib pkgs/main/linux-64::zlib-1.2.11-h7f8727e_4 zstd pkgs/main/linux-64::zstd-1.4.9-haebb681_0 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages fontconfig-2.12.6 | 221 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% pixman-0.40.0 | 373 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% harfbuzz-1.7.6 | 474 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% cairo-1.14.12 | 905 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% pango-1.42.0 | 458 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% sqlite-3.37.0 | 999 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% graphviz-2.40.1 | 6.5 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% zlib-1.2.11 | 108 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% glib-2.69.1 | 1.7 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% wheel-0.37.1 | 33 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% _openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% readline-8.1.2 | 354 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% intel-openmp-2022.0. | 4.2 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% freetype-2.8 | 542 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done # # To activate this environment, use # # $ conda activate mgsc # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate mgsc -i [path to your assembly graph] -o [output directory name]]]> Abhimanyu Singh