https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43935/conda-command-to-install-checkv? https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43935/conda-command-to-install-checkv Mon, 08 Aug 2022 23:57:25 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43935/conda-command-to-install-checkv (mENV) [jnarayan@hn1 Monkey_Pox]$ conda install -c conda-forge -c bioconda checkv Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /home/man/anaconda3/envs/jitENV added / updated specs: - checkv The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- boost-1.68.0 |py36h8619c78_1001 325 KB conda-forge boost-cpp-1.68.0 | h11c811c_1000 20.5 MB conda-forge ca-certificates-2022.6.15 | ha878542_0 149 KB conda-forge checkv-1.0.1 | pyhdfd78af_0 33 KB bioconda diamond-0.9.24 | ha888412_1 758 KB bioconda importlib-metadata-4.2.0 | py36h5fab9bb_0 30 KB conda-forge kcounter-0.1.1 | py36h91eb985_1 871 KB bioconda libzlib-1.2.12 | h166bdaf_2 63 KB conda-forge more-itertools-8.13.0 | pyhd8ed1ab_0 44 KB conda-forge openssl-1.1.1q | h166bdaf_0 2.1 MB conda-forge prodigal-gv-2.9.0 | h7132678_0 916 KB bioconda zipp-0.6.0 | py_0 7 KB conda-forge zlib-1.2.12 | h166bdaf_2 91 KB conda-forge ------------------------------------------------------------ Total: 25.9 MB The following NEW packages will be INSTALLED: biopython conda-forge/linux-64::biopython-1.79-py36h8f6f2f9_0 boost conda-forge/linux-64::boost-1.68.0-py36h8619c78_1001 boost-cpp conda-forge/linux-64::boost-cpp-1.68.0-h11c811c_1000 checkv bioconda/noarch::checkv-1.0.1-pyhdfd78af_0 diamond bioconda/linux-64::diamond-0.9.24-ha888412_1 importlib-metadata conda-forge/linux-64::importlib-metadata-4.2.0-py36h5fab9bb_0 kcounter bioconda/linux-64::kcounter-0.1.1-py36h91eb985_1 more-itertools conda-forge/noarch::more-itertools-8.13.0-pyhd8ed1ab_0 prodigal-gv bioconda/linux-64::prodigal-gv-2.9.0-h7132678_0 typing_extensions conda-forge/noarch::typing_extensions-3.10.0.2-pyha770c72_0 zipp conda-forge/noarch::zipp-0.6.0-py_0 The following packages will be UPDATED: libgcc-ng 11.2.0-h1d223b6_11 --> 12.1.0-h8d9b700_16 libzlib 1.2.11-h36c2ea0_1013 --> 1.2.12-h166bdaf_2 zlib 1.2.11-h36c2ea0_1013 --> 1.2.12-h166bdaf_2 The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel: ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2022.07.19~ --> conda-forge::ca-certificates-2022.6.15-ha878542_0 openssl pkgs/main::openssl-1.1.1q-h7f8727e_0 --> conda-forge::openssl-1.1.1q-h166bdaf_0 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages ca-certificates-2022 | 149 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% openssl-1.1.1q | 2.1 MB | ############################################################################################################################################################### | 100% kcounter-0.1.1 | 871 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% libzlib-1.2.12 | 63 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% zlib-1.2.12 | 91 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% more-itertools-8.13. | 44 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% checkv-1.0.1 | 33 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% zipp-0.6.0 | 7 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% prodigal-gv-2.9.0 | 916 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% importlib-metadata-4 | 30 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% boost-cpp-1.68.0 | 20.5 MB | ############################################################################################################################################################### | 100% diamond-0.9.24 | 758 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% boost-1.68.0 | 325 KB | ############################################################################################################################################################### | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: \ CheckV v1.0.1 an external database which needs to be downloaded and unarchived. The link for the database can be found in CheckV's instructions at https://bitbucket.org/berkeleylab/checkv/ done]]> Neel https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43935/conda-command-to-install-checkv#item-annotation-4043 Mon, 08 Aug 2022 23:57:37 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43935/conda-command-to-install-checkv#item-annotation-4043 More at https://bitbucket.org/berkeleylab/checkv/src/master/

]]> Neel