https://bioinformaticsonline.com/snippets?offset=100 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43590/rules-to-run-fastp-snakemake Tue, 16 Nov 2021 01:03:22 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43590/rules-to-run-fastp-snakemake rule fastp: input: fwd=INPUT + "/{sample}-read_1.fq", rev=INPUT + "/{sample}-read_2.fq" output: fwd=RESULTS + "/fastq_trimmed/{sample}.1.trimmed.fastq", rev=RESULTS + "/fastq_trimmed/{sample}.2.trimmed.fastq", html=RESULTS + "/fastq_trimmed/{sample}.html", json=RESULTS + "/fastq_trimmed/{sample}.json" threads: 5 log: RESULTS + "/logs/fastp/{sample}.preprocess.log" shell: "fastp --in1 {input.fwd} --in2 {input.rev} " "--out1 {output.fwd} --out2 {output.rev} --thread {threads} --cut_tail --html {output.html} --json {output.json} 2> {log}"]]> Abhi https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43585/update-pangolin Mon, 15 Nov 2021 04:25:43 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43585/update-pangolin $ pangolin --update #Major update conda activate pangolin git pull conda env update -f environment.yml pip install . re-installs pangolin.]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43581/install-composer-for-elgg Mon, 15 Nov 2021 01:27:29 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43581/install-composer-for-elgg #!/bin/sh EXPECTED_CHECKSUM="$(php -r 'copy("https://composer.github.io/installer.sig", "php://stdout");')" php -r "copy('https://getcomposer.org/installer', 'composer-setup.php');" ACTUAL_CHECKSUM="$(php -r "echo hash_file('sha384', 'composer-setup.php');")" if [ "$EXPECTED_CHECKSUM" != "$ACTUAL_CHECKSUM" ] then >&2 echo 'ERROR: Invalid installer checksum' rm composer-setup.php exit 1 fi php composer-setup.php --quiet RESULT=$? rm composer-setup.php exit $RESULT]]> Surabhi Chaudhary https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43573/installing-manadatory-software-for-websites-hosting Mon, 01 Nov 2021 04:35:23 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43573/installing-manadatory-software-for-websites-hosting #See all the installed apt list --installed apt list #Installing Apache #To install Apache, install the latest meta-package apache2 by running: sudo apt update sudo apt install apache2 #Install the mysql-server sudo apt install mysql-server sudo systemctl status mysql #Remove PHP and all his libraries and files sudo apt-get purge php7.* #Install PHP again sudo apt-get install php7.2 #Install Php admin sudo apt install phpmyadmin php-mbstring php-gettext]]> Abhi https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43572/installing-manadatory-software-for-websites-hosting Mon, 01 Nov 2021 04:35:11 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43572/installing-manadatory-software-for-websites-hosting #See all the installed apt list --installed apt list #Installing Apache #To install Apache, install the latest meta-package apache2 by running: sudo apt update sudo apt install apache2 #Install the mysql-server sudo apt install mysql-server sudo systemctl status mysql #Remove PHP and all his libraries and files sudo apt-get purge php7.* #Install PHP again sudo apt-get install php7.2]]> Abhi https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43571/remove-apache2-from-linux Mon, 01 Nov 2021 03:53:23 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43571/remove-apache2-from-linux #Purge it sudo apt-get purge apache2 #Auto remove sudo apt-get autoremove #Remove sudo rm -rf /etc/apache2 #Try this sudo apt remove apache2.*]]> Abhi https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43569/bash-script-to-simulate-a-genome Sat, 30 Oct 2021 13:50:47 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43569/bash-script-to-simulate-a-genome # Reference https://github.com/chhylp123/hifiasm/issues/33 # Use Drosophila melongaster PacBio assembly cd /genetics/elbers/test/fly2 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/003/401/745/GCA_003401745.1_ASM340174v1/GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna.gz # Use BCFtools 1.10.2 and SAMtools 1.10 conda activate bcftools1.10.2 # Use Seqtk to convert soft-masked bases to upper-case bases, also compress with bgzip # https://github.com/lh3/seqtk /genetics/elbers/bin/seqtk/seqtk seq -U \ GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna.gz | \ bgzip -@75 > GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.fasta.gz # Convert to diploid with approximately 2% heterozygosity rate, max indels=20bp # mutate.sh part of BBTools/BBMap https://sourceforge.net/projects/bbmap/ /genetics/elbers/bbmap-38.86/mutate.sh \ in=GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.fasta.gz \ ow=t \ vcf=GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.vcf.gz \ out=GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.fasta.gz \ ziplevel=6 \ ploidy=2 \ subrate=0.0192 \ indelrate=0.001 \ maxindel=20 \ nohomopolymers=t \ hetrate=1 2> GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.fasta.log.txt # genome size bgzip -@75 -cd GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.fasta.gz | \ grep -v ">"|wc -m # 140687135 # 2% heterozygosity is how many bases calc 0.02\*140687135 # 0.02*140687135 = 2813742.700000 # number of mutations added bgzip -@75 -cd GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.vcf.gz| \ grep -v "^#"|wc -l # 2830139 # ~2% het rate # get only 1 haplotype from the "diploid" reference bgzip -@75 -dc GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.fasta.gz|\ /genetics/elbers/bin/seqtk/seqtk seq -L0|paste - - |grep -P "haplo_0\t"| \ tr '\t' '\n' |\ /genetics/elbers/bin/seqtk/seqtk seq -L60 |\ bgzip -@75 \ > GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.haplotype0.fasta.gz # make reference for randomreads.sh # randomreads.sh part of BBTools/BBMap https://sourceforge.net/projects/bbmap/ /genetics/elbers/bbmap-38.86/randomreads.sh build=1 \ seed=1 \ ref=GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.fasta.gz \ illuminanames=t addslash=t \ pacbio=t pbmin=0.13 pbmax=0.17 \ reads=100 paired=f \ gaussianlength=t \ minlength=1000 midlength=20000 maxlength=100000 \ out=/dev/null # make 60x haploid coverage for Illumina reads /genetics/elbers/bbmap-38.86/randomreads.sh build=1 \ ref=GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.fasta.gz \ illuminanames=t addslash=t \ coverage=30 paired=t maxinsert=550 mininsert=450 \ out1=illumina1.fastq.gz out2=illumina2.fastq.gz > random_reads_illumina.log 2>&1 # interleave the paired-end reads # reformat.sh part of BBTools/BBMap https://sourceforge.net/projects/bbmap/ /genetics/elbers/bbmap-38.86/reformat.sh \ in=illumina1.fastq.gz in2=illumina2.fastq.gz out=illumina.int.fastq 2>/dev/null # use KmerGenie 1.7051 to get an idea of k-mer with that produces longest N50 # http://kmergenie.bx.psu.edu/ mkdir -p /genetics/elbers/test/fly2/kmergenie-illumina-raw-reads cd /genetics/elbers/test/fly2/kmergenie-illumina-raw-reads /genetics/elbers/kmergenie-1.7051/kmergenie ../illumina.int.fastq \ > kmergenie-illumina-raw-reads.log 2>&1 rm ../illumina.int.fastq k=`grep "^best k:" \ kmergenie-illumina-raw-reads.log | grep -Po "\d+"` echo "best k=${k}" # make 30x haploid coverage for PacBio CLR reads # error rate from 13 - 15 % minimum 1000bp midlength 20000bp maximum 30000bp cd /genetics/elbers/test/fly2 /genetics/elbers/bbmap-38.86/randomreads.sh build=1 \ ow=t seed=1 \ ref=GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.fasta.gz \ illuminanames=t addslash=t \ pacbio=t pbmin=0.13 pbmax=0.15 \ coverage=15 paired=f \ gaussianlength=t \ minlength=1000 midlength=20000 maxlength=30000 \ out=pacbio.fastq.gz > random_reads_pacbio.log 2>&1 # make 30x haploid coverage for PacBio reads for Hifi reads # error rate from 1 - 0.1 % minimum 9000bp midlength 10000bp max 12000bp /genetics/elbers/bbmap-38.86/randomreads.sh build=1 \ ow=t seed=1 \ ref=GCA_003401745.1_ASM340174v1_genomic.fna_upper.diploid.fasta.gz \ illuminanames=t addslash=t \ pacbio=t pbmin=0.001 pbmax=0.01 \ coverage=15 paired=f \ gaussianlength=t \ minlength=9000 midlength=10000 maxlength=12000 \ out=hifi.fastq.gz > random_reads_pacbio_hifi.log 2>&1]]> Abhi https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43566/install-php-on-ubuntu-apache-server Fri, 29 Oct 2021 04:46:03 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43566/install-php-on-ubuntu-apache-server #Installing PHP 7.2 with Apache #If you are using Apache as your web server to install PHP and Apache PHP module run the following command: sudo apt install php libapache2-mod-php #Once the packages are installed restart the Apache service: sudo systemctl restart apache2]]> Abhi https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43565/install-mysql-on-ubuntu Fri, 29 Oct 2021 04:43:46 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43565/install-mysql-on-ubuntu #Installing MySQL on Ubuntu #To install MySQL on your Ubuntu server follow the steps below: First, update the apt package index by typing: sudo apt update #Then install the MySQL package with the following command: sudo apt install mysql-server #Once the installation is completed, the MySQL service will start automatically. To check whether the MySQL server is running, type: sudo systemctl status mysql #To secure MySQL #Run the script by typing: sudo mysql_secure_installation #To log in to the MySQL server as the root user type: sudo mysql #If you want to login to your MySQL server as root from an external program such as phpMyAdmin you have two options. The first one is to change the authentication method from auth_socket to mysql_native_password. You can do that by running the following command: mysql > ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'very_strong_password'; mysql > FLUSH PRIVILEGES; #The second, recommended option is to create a new administrative user with access to all databases: mysql > GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'administrator'@'localhost' IDENTIFIED BY 'very_strong]]> Abhi https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43561/installing-covid19-environment Mon, 25 Oct 2021 00:56:35 -0500 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43561/installing-covid19-environment (base) vikas@vikas-Lenovo-ideapad-320-15ISK:~/vinodLab/Genepi$ conda env create -f covid19-environment.yml Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done Downloading and Extracting Packages sqlite-3.36.0 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% docutils-0.17.1 | 762 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kernel-headers_linux | 957 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pixman-0.40.0 | 627 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libtiff-4.2.0 | 590 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% llvm-meta-7.0.0 | 2 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% sed-4.8 | 264 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxau-1.0.9 | 13 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-xproto-7.0.31 | 73 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% joblib-1.1.0 | 210 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fonts-conda-forge-1 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% importlib-metadata-4 | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% typing_extensions-3. | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% datrie-0.8.2 | 152 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% rsync-3.2.3 | 312 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% setuptools-58.2.0 | 1008 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cffi-1.14.6 | 225 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-recordproto-1.1 | 8 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxext-1.3.4 | 54 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libzlib-1.2.11 | 59 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gxx_impl_linux-64-9. | 10.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fontconfig-2.13.1 | 357 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pthread-stubs-0.4 | 5 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% certifi-2021.10.8 | 144 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libcblas-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kraken2-2.1.2 | 208 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tk-8.6.11 | 3.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zlib-1.2.11 | 86 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% urllib3-1.26.7 | 100 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% ld_impl_linux-64-2.3 | 667 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% hisat2-2.2.1 | 16.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cairo-1.16.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxdmcp-1.1.3 | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _r-mutex-1.0.1 | 3 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pyopenssl-21.0.0 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% minimap2-2.22 | 483 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% krb5-1.19.2 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% font-ttf-ubuntu-0.83 | 1.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gitpython-3.1.24 | 122 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% font-ttf-source-code | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-inputproto-2.3. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libice-1.0.10 | 58 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-fixesproto-5.0 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gfortran_impl_linux- | 14.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% binutils_linux-64-2. | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fonts-conda-ecosyste | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-xextproto-7.3.0 | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% spades-3.15.3 | 48.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% binutils_impl_linux- | 10.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libstdcxx-devel_linu | 9.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tar-1.34 | 904 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% varscan-2.4.4 | 123 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% alsa-lib-1.2.3 | 560 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% curl-7.79.1 | 153 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% picard-2.26.3 | 16.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% lz4-c-1.9.3 | 179 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libwebp-base-1.2.0 | 815 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wget-1.20.3 | 804 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python_abi-3.7 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% git-2.33.1 | 13.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% perl-xml-parser-2.44 | 165 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxfixes-5.0.3 | 18 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% simplejson-3.17.5 | 103 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% krona-2.8 | 154 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% mafft-7.487 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% liblapack-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libstdcxx-ng-11.2.0 | 4.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% r-base-3.6.3 | 23.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxrender-0.9. | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% fribidi-1.0.10 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kiwisolver-1.3.2 | 78 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python-3.7.10 | 57.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cryptography-35.0.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pyyaml-6.0 | 188 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gitdb-4.0.9 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgfortran-ng-11.2. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libssh2-1.10.0 | 233 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxtst-1.2.3 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zipp-3.6.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% sysroot_linux-64-2.1 | 34.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libopenblas-0.3.18 | 9.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% perl-gd-2.68 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wrapt-1.13.2 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tktable-2.10 | 89 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% numpy-1.21.3 | 6.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libglib-2.70.0 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-ng-11.2.0 | 887 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% expat-2.4.1 | 182 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgomp-11.2.0 | 427 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% jsonschema-4.1.2 | 54 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openmp-7.0.0 | 396 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gcc_impl_linux-64-9. | 45.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openjdk-11.0.9.1 | 173.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% c-ares-1.17.2 | 109 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gcc_linux-64-9.4.0 | 24 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% matplotlib-base-3.4. | 7.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pango-1.48.10 | 400 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pillow-8.2.0 | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% attrs-21.2.0 | 44 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zstd-1.5.0 | 490 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxi-1.7.10 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libnghttp2-1.43.0 | 790 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python-dateutil-2.8. | 240 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% seqtk-1.3 | 38 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gxx_linux-64-9.4.0 | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libnsl-2.0.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _sysroot_linux-64_cu | 14 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pcre-8.45 | 253 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openjpeg-2.4.0 | 444 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libxcb-1.13 | 395 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-devel_linux-6 | 4.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgd-2.3.2 | 299 KB | 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############################################################################################################################################################################################## | 100% harfbuzz-2.9.1 | 2.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: \ Krona installed. You still need to manually update the taxonomy databases before Krona can generate taxonomic reports. The update script is ktUpdateTaxonomy.sh. The default location for storing taxonomic databases is /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy If you would like the taxonomic data stored elsewhere, simply replace this directory with a symlink. For example: rm -rf /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy mkdir /path/on/big/disk/taxonomy ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy ktUpdateTaxonomy.sh \ The default QUAST package does not include: * GRIDSS (needed for structural variants detection) * SILVA 16S rRNA database (needed for reference genome detection in metagenomic datasets) * BUSCO tools and databases (needed for searching BUSCO genes) -- works in Linux only! To be able to use those, please run quast-download-gridss quast-download-silva quast-download-busco done # # To activate this environment, use # # $ conda activate covid19-genepi # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate]]> Surabhi Chaudhary