https://bioinformaticsonline.com/snippets?offset=80 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43735/bash-script-to-extract-sequence-by-ids Tue, 01 Feb 2022 23:20:42 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43735/bash-script-to-extract-sequence-by-ids Use a Perl one-liner, grep and seqtk subseq to extract the desired fasta sequences: # Create test input: cat > in.fasta <<EOF >BGI_novel_T016697 Solyc03g033550.3.1 CTGACGTATACAATTAAGCCGCG >BGI_novel_T016313 Solyc03g025570.2.1 TTCAAGTGTTAGTTTCACATCAT >BGI_novel_T018109 Solyc03g080075.1.1 GCAAGGGAAAGAAGTATTACTAG >BGI_novel_T016817 BGI_novel_G001220 GCCCAAGTCATAGGTAGTGCCTG >BGI_novel_T016141 Solyc03g007600.3.1 ACGTACGTACGTACGTACGTACG EOF cat > gene_ids.txt <<EOF Solyc03g033550.3.1 Solyc03g080075.1.1 Solyc00g256710.2.1 Solyc01g010890.3.1 EOF # Extract ids and gene ids into a tsv file: perl -lne '@f = /^>(\S+)\s+(\S+)/ and print join "\t", @f;' in.fasta > ids_gene_ids.tsv # Select ids that correspond to the desired gene ids: grep -f gene_ids.txt ids_gene_ids.tsv | cut -f1 > ids.selected.txt # Extract fasta sequence that correspond to desired gene ids: seqtk subseq in.fasta ids.selected.txt > out.fasta cat out.fasta Output: >BGI_novel_T016697 Solyc03g033550.3.1 CTGACGTATACAATTAAGCCGCG >BGI_novel_T018109 Solyc03g080075.1.1 GCAAGGGAAAGAAGTATTACTAG Note that seqtk can be installed, for example, using conda.]]> Abhimanyu Singh https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43731/install-mgsc-on-ubuntu Mon, 31 Jan 2022 07:50:56 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43731/install-mgsc-on-ubuntu (abhiENV) [abhi@hn1 output_OM824]$ conda create -n mgsc python=3.6 graphviz numpy Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /home/abhi/anaconda3/envs/mgsc added / updated specs: - graphviz - numpy - python=3.6 The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- _openmp_mutex-4.5 | 1_gnu 22 KB cairo-1.14.12 | h7636065_2 905 KB fontconfig-2.12.6 | h49f89f6_0 221 KB freetype-2.8 | hab7d2ae_1 542 KB glib-2.69.1 | h4ff587b_1 1.7 MB graphviz-2.40.1 | h25d223c_0 6.5 MB harfbuzz-1.7.6 | h5f0a787_1 474 KB intel-openmp-2022.0.1 | h06a4308_3633 4.2 MB pango-1.42.0 | h377f3fa_0 458 KB pixman-0.40.0 | h7f8727e_1 373 KB readline-8.1.2 | h7f8727e_1 354 KB sqlite-3.37.0 | hc218d9a_0 999 KB wheel-0.37.1 | pyhd3eb1b0_0 33 KB zlib-1.2.11 | h7f8727e_4 108 KB ------------------------------------------------------------ Total: 16.8 MB The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex pkgs/main/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-main _openmp_mutex pkgs/main/linux-64::_openmp_mutex-4.5-1_gnu blas pkgs/main/linux-64::blas-1.0-mkl ca-certificates pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2021.10.26-h06a4308_2 cairo pkgs/main/linux-64::cairo-1.14.12-h7636065_2 certifi pkgs/main/linux-64::certifi-2021.5.30-py36h06a4308_0 expat pkgs/main/linux-64::expat-2.4.1-h2531618_2 fontconfig pkgs/main/linux-64::fontconfig-2.12.6-h49f89f6_0 freetype pkgs/main/linux-64::freetype-2.8-hab7d2ae_1 fribidi pkgs/main/linux-64::fribidi-1.0.10-h7b6447c_0 glib pkgs/main/linux-64::glib-2.69.1-h4ff587b_1 graphite2 pkgs/main/linux-64::graphite2-1.3.14-h23475e2_0 graphviz pkgs/main/linux-64::graphviz-2.40.1-h25d223c_0 harfbuzz pkgs/main/linux-64::harfbuzz-1.7.6-h5f0a787_1 icu pkgs/main/linux-64::icu-58.2-he6710b0_3 intel-openmp pkgs/main/linux-64::intel-openmp-2022.0.1-h06a4308_3633 jpeg pkgs/main/linux-64::jpeg-9d-h7f8727e_0 ld_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.35.1-h7274673_9 libffi pkgs/main/linux-64::libffi-3.3-he6710b0_2 libgcc-ng pkgs/main/linux-64::libgcc-ng-9.3.0-h5101ec6_17 libgomp pkgs/main/linux-64::libgomp-9.3.0-h5101ec6_17 libpng pkgs/main/linux-64::libpng-1.6.37-hbc83047_0 libstdcxx-ng pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-9.3.0-hd4cf53a_17 libtiff pkgs/main/linux-64::libtiff-4.2.0-h85742a9_0 libtool pkgs/main/linux-64::libtool-2.4.6-h7b6447c_1005 libwebp-base pkgs/main/linux-64::libwebp-base-1.2.0-h27cfd23_0 libxcb pkgs/main/linux-64::libxcb-1.14-h7b6447c_0 libxml2 pkgs/main/linux-64::libxml2-2.9.12-h03d6c58_0 lz4-c pkgs/main/linux-64::lz4-c-1.9.3-h295c915_1 mkl pkgs/main/linux-64::mkl-2020.2-256 mkl-service pkgs/main/linux-64::mkl-service-2.3.0-py36he8ac12f_0 mkl_fft pkgs/main/linux-64::mkl_fft-1.3.0-py36h54f3939_0 mkl_random pkgs/main/linux-64::mkl_random-1.1.1-py36h0573a6f_0 ncurses pkgs/main/linux-64::ncurses-6.3-h7f8727e_2 numpy pkgs/main/linux-64::numpy-1.19.2-py36h54aff64_0 numpy-base pkgs/main/linux-64::numpy-base-1.19.2-py36hfa32c7d_0 openssl pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1m-h7f8727e_0 pango pkgs/main/linux-64::pango-1.42.0-h377f3fa_0 pcre pkgs/main/linux-64::pcre-8.45-h295c915_0 pip pkgs/main/linux-64::pip-21.2.2-py36h06a4308_0 pixman pkgs/main/linux-64::pixman-0.40.0-h7f8727e_1 python pkgs/main/linux-64::python-3.6.13-h12debd9_1 readline pkgs/main/linux-64::readline-8.1.2-h7f8727e_1 setuptools pkgs/main/linux-64::setuptools-58.0.4-py36h06a4308_0 six pkgs/main/noarch::six-1.16.0-pyhd3eb1b0_0 sqlite pkgs/main/linux-64::sqlite-3.37.0-hc218d9a_0 tk pkgs/main/linux-64::tk-8.6.11-h1ccaba5_0 wheel pkgs/main/noarch::wheel-0.37.1-pyhd3eb1b0_0 xz pkgs/main/linux-64::xz-5.2.5-h7b6447c_0 zlib pkgs/main/linux-64::zlib-1.2.11-h7f8727e_4 zstd pkgs/main/linux-64::zstd-1.4.9-haebb681_0 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages fontconfig-2.12.6 | 221 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% pixman-0.40.0 | 373 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% harfbuzz-1.7.6 | 474 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% cairo-1.14.12 | 905 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% pango-1.42.0 | 458 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% sqlite-3.37.0 | 999 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% graphviz-2.40.1 | 6.5 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% zlib-1.2.11 | 108 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% glib-2.69.1 | 1.7 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% wheel-0.37.1 | 33 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% _openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% readline-8.1.2 | 354 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% intel-openmp-2022.0. | 4.2 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% freetype-2.8 | 542 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done # # To activate this environment, use # # $ conda activate mgsc # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate mgsc -i [path to your assembly graph] -o [output directory name]]]> Abhimanyu Singh https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43730/install-ruby-using-conda Mon, 31 Jan 2022 07:21:48 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43730/install-ruby-using-conda [abhi@hn1 MetaCarvel]$ conda install -c conda-forge ruby Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /home/abhi/anaconda3/envs/abhi added / updated specs: - ruby The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- gdbm-1.18 | h0a1914f_2 190 KB conda-forge ruby-2.6.6 | he592edb_2 5.5 MB conda-forge ------------------------------------------------------------ Total: 5.7 MB The following NEW packages will be INSTALLED: gdbm conda-forge/linux-64::gdbm-1.18-h0a1914f_2 ruby conda-forge/linux-64::ruby-2.6.6-he592edb_2 The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel: ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2021.10.26~ --> conda-forge::ca-certificates-2021.10.8-ha878542_0 openssl pkgs/main::openssl-1.1.1m-h7f8727e_0 --> conda-forge::openssl-1.1.1l-h7f98852_0 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages gdbm-1.18 | 190 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% ruby-2.6.6 | 5.5 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done]]> Abhimanyu Singh https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43727/extract-all-fasta-sequences-except-ids Wed, 26 Jan 2022 20:47:07 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43727/extract-all-fasta-sequences-except-ids awk 'BEGIN{while((getline<"omi_ids_updated.txt")>0)l[">"$1]=1}/^>/{f=!l[$1]}f' genomic.fna > filtered_without_omi.fasta #extract subseq seqtk subseq omi_ids.fa omi_single_id.txt > omi_single_id.fa #cat omi and all the rest cat omi_single_id.fa filtered_without_omi.fasta > omi_single_id_plus_all.fa #Extract unique kmer ./uniquekmer -f omi_single_id_plus_all.fa -k 19 # Extract the kmer of omi seqtk subseq kmercollection.fasta ../omi_single_id.txt > omi_kmer19.fa #reformat to 19mer reformat.sh in=omi_kmer19.fa out=omi_kmer19_formated.fa fastawrap=19 #Extract and number the kmers perl storeKmer.pl omi_kmer19_formated.fa > omi_kmer19_formated_numbered.fa # cat all *.rd file cat *.rd > all_reads_hits #count the lines in each file -- go in folder for FILE in *; do wc -l $FILE; done > all_hits_lines.txt]]> Rahul Nayak https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43708/installing-seva-environment-in-conda Tue, 18 Jan 2022 13:44:24 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43708/installing-seva-environment-in-conda (base) [jnarayan@hn1 SEVA_codes_and_files]$ conda env create -f SEVA.yaml Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done Downloading and Extracting Packages libtiff-4.3.0 | 614 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rcpp-1.0.6 | 2.0 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-lifecycle-1.0.0 | 97 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-mgcv-1.8_35 | 3.0 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-data.table-1.14.0 | 2.0 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% bioconductor-iranges | 2.4 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-blob-1.2.1 | 63 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% lerc-3.0 | 216 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% libglib-2.70.2 | 3.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-matrix-1.3_3 | 4.0 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% libdeflate-1.8 | 67 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% binutils_linux-64-2. | 24 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-dbi-1.1.1 | 643 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-fansi-0.4.2 | 199 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-getopt-1.20.3 | 45 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% pandoc-2.17 | 12.7 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-vctrs-0.3.8 | 1.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% curl-7.81.0 | 90 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-waldo-0.2.5 | 78 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rmarkdown-2.8 | 3.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-ps-1.6.0 | 299 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-jsonlite-1.7.2 | 462 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-knitr-1.33 | 1.3 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-digest-0.6.27 | 211 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-utf8-1.2.1 | 162 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-scales-1.1.1 | 558 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-snow-0.4_3 | 124 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rcolorbrewer-1.1_2 | 59 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rprojroot-2.0.2 | 110 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-purrr-0.3.4 | 410 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% _openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-r6-2.5.0 | 89 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-gargle-1.1.0 | 420 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-tinytex-0.31 | 125 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rappdirs-0.3.3 | 51 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-magrittr-2.0.1 | 212 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-clipr-0.7.1 | 65 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-lubridate-1.7.10 | 1.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-processx-3.5.2 | 315 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% gcc_linux-64-9.4.0 | 24 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-brio-1.1.2 | 38 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% gxx_linux-64-9.4.0 | 24 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% harfbuzz-3.1.1 | 2.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-testthat-3.0.2 | 1.6 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-cpp11-0.2.7 | 151 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-generics-0.1.0 | 83 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% bioconductor-biocins | 62 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-dtplyr-1.1.0 | 255 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-colorspace-2.0_1 | 2.5 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-desc-1.3.0 | 547 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-ellipsis-0.3.2 | 42 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-stringi-1.6.2 | 849 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-codetools-0.2_18 | 106 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-uuid-0.1_4 | 22 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-htmltools-0.5.1.1 | 246 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-praise-1.0.0 | 23 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-backports-1.2.1 | 99 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% bioconductor-xvector | 724 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% libcurl-7.81.0 | 338 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-dbplyr-2.1.1 | 821 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-highr-0.9 | 57 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-glue-1.4.2 | 141 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% kernel-headers_linux | 707 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-hms-1.1.0 | 106 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-readr-1.4.0 | 855 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-fs-1.5.0 | 504 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% bioconductor-biocgen | 691 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-pkgconfig-2.0.3 | 24 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-selectr-0.4_2 | 475 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-reprex-2.0.0 | 493 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-haven-2.4.1 | 390 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% libxcb-1.13 | 391 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-readxl-1.3.1 | 856 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-dplyr-1.0.6 | 1.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-modelr-0.1.8 | 218 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-googlesheets4-0.3. | 479 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-reshape2-1.4.4 | 135 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-forcats-0.5.1 | 378 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-broom-0.7.6 | 1.7 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-cli-2.5.0 | 533 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-nlme-3.1_152 | 2.3 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% zstd-1.5.1 | 463 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-crayon-1.4.1 | 145 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rstudioapi-0.13 | 281 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rcpparmadillo-0.10 | 1.2 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% jbig-2.1 | 43 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-progress-1.2.2 | 90 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-gtable-0.3.0 | 423 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% bioconductor-s4vecto | 2.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-mass-7.3_54 | 1.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-stringr-1.4.0 | 209 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% gfortran_linux-64-9. | 24 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-openssl-1.4.4 | 1.3 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-askpass-1.1 | 28 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-labeling-0.4.2 | 67 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rematch-1.0.1 | 19 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-evaluate-0.14 | 81 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rlang-0.4.11 | 1.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-foreach-1.5.1 | 132 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-markdown-1.1 | 142 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-munsell-0.5.0 | 246 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-httr-1.4.2 | 493 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% bioconductor-zlibbio | 113 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-tidyselect-1.1.1 | 196 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-callr-3.7.0 | 440 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-tibble-3.1.2 | 735 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-withr-2.4.2 | 220 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-lattice-0.20_44 | 1.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-sys-3.4 | 48 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-prettyunits-1.1.1 | 41 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-tidyverse-1.3.1 | 437 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-yaml-2.2.1 | 119 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-optparse-1.6.6 | 79 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-ids-1.0.1 | 126 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-ggplot2-3.3.3 | 4.0 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-tidyr-1.1.3 | 806 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-plyr-1.8.6 | 833 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-xml2-1.3.2 | 249 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-viridislite-0.4.0 | 1.3 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-pillar-1.6.1 | 970 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-assertthat-0.2.1 | 70 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-iterators-1.0.13 | 338 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-curl-4.3.1 | 778 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-cellranger-1.1.0 | 108 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-diffobj-0.3.4 | 1022 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-base64enc-0.1_3 | 44 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-googledrive-1.0.1 | 1.6 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% bioconductor-biostri | 13.8 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-mime-0.10 | 51 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-dosnow-1.0.19 | 39 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-isoband-0.2.4 | 2.2 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rematch2-2.1.2 | 52 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-pkgload-1.2.1 | 169 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% icu-68.2 | 13.1 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-doparallel-1.0.16 | 72 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% sysroot_linux-64-2.1 | 31.4 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-farver-2.1.0 | 1.5 MB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-xfun-0.23 | 341 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% r-rvest-1.0.0 | 202 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% pango-1.48.10 | 403 KB | ########################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done # # To activate this environment, use # # $ conda activate SEVA # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate]]> Jit https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43707/plugin-skeleton-for-elgg Tue, 18 Jan 2022 12:06:55 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43707/plugin-skeleton-for-elgg The following files for plugin example would go in /mod/example/ actions/ example/ action.php other_action.php classes/ VendorNamespace/ PluginNamespace/ ExampleClass.php languages/ en.php vendors/ example_3rd_party_lib/ views/ default/ example/ component.css component.js component.png forms/ example/ action.php other_action.php object/ example.php example/ context1.php context2.php plugins/ example/ settings.php usersettings.php resources/ example/ all.css all.js all.php owner.css owner.js owner.php widgets/ example_widget/ content.php edit.php elgg-plugin.php CHANGES.txt COPYRIGHT.txt INSTALL.txt LICENSE.txt README.txt composer.json]]> Rahul Nayak https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43692/fastq-to-fasta Thu, 06 Jan 2022 07:02:13 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43692/fastq-to-fasta # bash cat INFILE.fastq | paste - - - - |cut -f 1, 2| sed 's/@/>/'g | tr -s "/t" "/n" > OUTFILE.fasta #awk cat infile.fq | awk '{if(NR%4==1) {printf(">%s\n",substr($0,2));} else if(NR%4==2) print;}' > file.fa #seqtk seqtk seq -a input.fastq > output.fasta #Bioawk bioawk -c fastx '{print ">"$name"\n"$seq}' input.fastq > output.fasta #Sed sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' INFILE.fastq > OUTFILE.fasta]]> Jit https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43689/compile-cpp-to-exe Thu, 06 Jan 2022 06:44:01 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43689/compile-cpp-to-exe You have to compile the code with a C++ compiler. TDM-GCC MinGW compiler which you can download from this link: https://sourceforge.net/projects/tdm-gcc/ Once you download and install the compiler, you need to open the cmd, navigate to the folder containing the .cpp files using the "cd" command, and then execute these commands: g++ -o NewFileName TrojanCockroach.cpp g++ -o NewFileName Infect.cpp Change "NewFileName" to w/e you want to name each exe file. The exe files will appear in the same folder.]]> Jit https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43688/extract-the-sequences-with-ids Wed, 05 Jan 2022 07:29:47 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43688/extract-the-sequences-with-ids #sed -i 's/\_/ /g' Delta_seqID_from_lineage_report.txt seqtk subseq genomic.fna Delta_seqID_from_lineage_report.txt > Delta.fasta #Split the fasta in 11 equal sequences subsets pyfasta split -n 11 Delta.fasta]]> Abhi https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43687/perl-script-to-rename-the-fasta-file Wed, 29 Dec 2021 07:32:58 -0600 https://bioinformaticsonline.com/snippets/view/43687/perl-script-to-rename-the-fasta-file #Script #1 #!/usr/bin/perl -w use strict; #USAGE #perl extractPattern.pl kmerfasta > uniref100_result_broad my %kHash; local $/ = '>'; my $infile2 = "$ARGV[0]"; # Kmer fasta open( FH2, '<', $infile2 ) or die $!; while (<FH2>) { my @allVal = split ('\n', $_); my $namewa; for (my $j=0; $j<scalar(@allVal); $j++) { next if ($allVal[$j] eq ">"); if ($j == 0) {$namewa=$allVal[0]; next;} my $num=$j; my @lName=split(' ',$allVal[0]); #print "$allVal[$j]\t$lName[0]\n"; #$kHash{$allVal[$j]}=$lName[0]; print ">$lName[0].$num\n$allVal[$j]\n"; } }]]> Abhi