Our Sponsors



Download BioinformaticsOnline(BOL) Apps in your chrome browser.

Freelancer

AdvertiseWithUs

Question: Question: How to print only the first best hit from blastn tool?

Marysia
168 days ago

Question: How to print only the first best hit from blastn tool?

I used the following command to print the blast hit.

[Terminal] blastn -query aaa.fa -db blastdb/nt -evalue 10e-5 -num_threads 4 -max_target_seqs 1 -outfmt '6 qseqid staxid qstart qend sallseqi sstart send evalue length frames qcovs' -out testBlastSee

But the outfile print many hits, I only want the top one.

[Terminal] more testBlastSee                                                                                                                  []
Lactococcus_lactis    1    63350    1    63350    0.0    63350    1/1    100
Lactococcus_lactis    52453    55105    138601    141250    0.0    2654    1/1    100
Lactococcus_lactis    52393    53898    629230    627727    0.0    1508    1/1    100
Lactococcus_lactis    52411    53898    2217595    2216111    0.0    1489    1/1    100
Lactococcus_lactis    52413    53898    2157259    2155777    0.0    1487    1/1    100
Lactococcus_lactis    52452    53898    838503    837059    0.0    1449    1/1    100
Lactococcus_lactis    52453    53860    374322    375726    0.0    1409    1/1    100
Lactococcus_lactis    53859    55105    2154570    2155816    0.0    1247    1/1    100
Lactococcus_lactis    53860    55105    626521    627766    0.0    1246    1/1    100
Lactococcus_lactis    53858    55105    835851    837098    0.0    1248    1/1    100
Lactococcus_lactis    53860    55105    2214905    2216150    0.0    1246    1/1    100
Lactococcus_lactis    53860    55104    374321    373077    0.0    1245    1/1    100
Lactococcus_lactis    53860    55104    138600    137356    0.0    1245    1/1    100
Lactococcus_lactis    53860    55104    839748    838504    0.0    1245    1/1    100
Lactococcus_lactis    40213    41128    508317    507400    0.0    922    1/1    100
Lactococcus_lactis    28448    28695    543445    543703    9e-96    260    1/1    100
Lactococcus_lactis    42193    42376    506963    506780    4e-64    184    1/1    100
Lactococcus_lactis    61964    62163    61646    61845    6e-53    200    1/1    100
Lactococcus_lactis    61646    61845    61964    62163    6e-53    200    1/1    100
Lactococcus_lactis    37541    37672    512963    512832    3e-50    132    1/1    100
Lactococcus_lactis    28816    28933    2360018    2359903    7e-32    118    1/1    100
Lactococcus_lactis    35284    35410    1439702    1439828    1e-30    129    1/1    100
Lactococcus_lactis    28272    28363    1412439    1412348    1e-29    92    1/1    100
Lactococcus_lactis    28193    28270    2360127    2360050    2e-28    78    1/1    100
Lactococcus_lactis    28695    28813    542396    542514    6e-23    122    1/1    100
Lactococcus_lactis    28695    28813    1981268    1981150    6e-23    122    1/1    100
Lactococcus_lactis    28695    28813    2341071    2340953    6e-23    122    1/1    100
Lactococcus_lactis    28695    28812    2360250    2360133    2e-22    121    1/1    100
Lactococcus_lactis    28695    28796    2218330    2218229    8e-22    103    1/1    100
Lactococcus_lactis    28695    28796    2260841    2260740    8e-22    103    1/1    100
Lactococcus_lactis    55066    55147    2154609    2154528    2e-17    82    1/1    100
Lactococcus_lactis    55066    55148    626559    626478    5e-14    83    1/1    100
Lactococcus_lactis    52392    52456    373013    373076    2e-12    65    1/1    100
Lactococcus_lactis    55105    55148    375723    375766    1e-09    44    1/1    100
Lactococcus_lactis    52393    52457    839809    839745    1e-09    66    1/1    100

Answers
1

If you have > Blast 2.2.29 versions, then you need to put -max_hsps 1 parameter, and it gonna work well for you.