Rahul Nayak
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Bash command to install GATK, Bedtools and SnpEff !
By Rahul Nayak 1787 days ago
(my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install gatk
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK
added / updated specs:
- gatk
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
certifi-2019.11.28 | py38_0 156 KB
gatk-3.8 | 7 8 KB bioconda
pip-20.0.2 | py38_1 1.9 MB
python-3.8.1 | h0371630_1 57.8 MB
r-assertthat-0.2.1 | r36h6115d3f_0 74 KB
r-bitops-1.0_6 | r36h96ca727_4 34 KB
r-catools-1.17.1.2 | r36h29659fb_0 223 KB
r-cli-1.1.0 | r36h6115d3f_0 189 KB
r-colorspace-1.4_1 | r36h96ca727_0 2.5 MB
r-crayon-1.3.4 | r36h6115d3f_0 757 KB
r-dichromat-2.0_0 | r36h6115d3f_4 163 KB
r-digest-0.6.18 | r36h96ca727_0 155 KB
r-fansi-0.4.0 | r36h96ca727_0 193 KB
r-gdata-2.18.0 | r36h6115d3f_0 1.1 MB
r-ggplot2-3.1.1 | r36h6115d3f_0 3.6 MB
r-glue-1.3.1 | r36h96ca727_0 165 KB
r-gplots-3.0.1.1 | r36h6115d3f_0 699 KB
r-gsalib-2.1 | r36h6115d3f_0 31 KB
r-gtable-0.3.0 | r36h6115d3f_0 425 KB
r-gtools-3.8.1 | r36h96ca727_0 325 KB
r-kernsmooth-2.23_15 | r36ha65eedd_4 102 KB
r-labeling-0.3 | r36h6115d3f_4 71 KB
r-lattice-0.20_38 | r36h96ca727_0 1.1 MB
r-lazyeval-0.2.2 | r36h96ca727_0 164 KB
r-magrittr-1.5 | r36h6115d3f_4 173 KB
r-mass-7.3_51.3 | r36h96ca727_0 1.1 MB
r-matrix-1.2_17 | r36h96ca727_0 3.8 MB
r-mgcv-1.8_28 | r36h96ca727_0 2.6 MB
r-munsell-0.5.0 | r36h6115d3f_0 254 KB
r-nlme-3.1_139 | r36ha65eedd_0 2.2 MB
r-pillar-1.3.1 | r36h6115d3f_0 180 KB
r-pkgconfig-2.0.2 | r36h6115d3f_0 25 KB
r-plyr-1.8.4 | r36h29659fb_0 815 KB
r-r6-2.4.0 | r36h6115d3f_0 68 KB
r-rcolorbrewer-1.1_2 | r36h6115d3f_0 62 KB
r-rcpp-1.0.1 | r36h29659fb_0 3.3 MB
r-reshape-0.8.8 | r36h6115d3f_0 174 KB
r-reshape2-1.4.3 | r36h29659fb_0 129 KB
r-rlang-0.3.4 | r36h96ca727_0 1.0 MB
r-scales-1.0.0 | r36h29659fb_0 580 KB
r-stringi-1.4.3 | r36h29659fb_0 773 KB
r-stringr-1.4.0 | r36h6115d3f_0 221 KB
r-tibble-2.1.1 | r36h96ca727_0 316 KB
r-utf8-1.1.4 | r36h96ca727_0 159 KB
r-viridislite-0.3.0 | r36h6115d3f_0 66 KB
r-withr-2.1.2 | r36h6115d3f_0 181 KB
setuptools-45.1.0 | py38_0 657 KB
sqlite-3.30.1 | h7b6447c_0 1.9 MB
wheel-0.34.1 | py38_0 49 KB
------------------------------------------------------------
Total: 92.5 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
certifi pkgs/main/linux-64::certifi-2019.11.28-py38_0
gatk bioconda/noarch::gatk-3.8-7
pip pkgs/main/linux-64::pip-20.0.2-py38_1
python pkgs/main/linux-64::python-3.8.1-h0371630_1
r-assertthat pkgs/r/noarch::r-assertthat-0.2.1-r36h6115d3f_0
r-bitops pkgs/r/linux-64::r-bitops-1.0_6-r36h96ca727_4
r-catools pkgs/r/linux-64::r-catools-1.17.1.2-r36h29659fb_0
r-cli pkgs/r/noarch::r-cli-1.1.0-r36h6115d3f_0
r-colorspace pkgs/r/linux-64::r-colorspace-1.4_1-r36h96ca727_0
r-crayon pkgs/r/noarch::r-crayon-1.3.4-r36h6115d3f_0
r-dichromat pkgs/r/noarch::r-dichromat-2.0_0-r36h6115d3f_4
r-digest pkgs/r/linux-64::r-digest-0.6.18-r36h96ca727_0
r-fansi pkgs/r/linux-64::r-fansi-0.4.0-r36h96ca727_0
r-gdata pkgs/r/noarch::r-gdata-2.18.0-r36h6115d3f_0
r-ggplot2 pkgs/r/noarch::r-ggplot2-3.1.1-r36h6115d3f_0
r-glue pkgs/r/linux-64::r-glue-1.3.1-r36h96ca727_0
r-gplots pkgs/r/noarch::r-gplots-3.0.1.1-r36h6115d3f_0
r-gsalib pkgs/r/noarch::r-gsalib-2.1-r36h6115d3f_0
r-gtable pkgs/r/noarch::r-gtable-0.3.0-r36h6115d3f_0
r-gtools pkgs/r/linux-64::r-gtools-3.8.1-r36h96ca727_0
r-kernsmooth pkgs/r/linux-64::r-kernsmooth-2.23_15-r36ha65eedd_4
r-labeling pkgs/r/noarch::r-labeling-0.3-r36h6115d3f_4
r-lattice pkgs/r/linux-64::r-lattice-0.20_38-r36h96ca727_0
r-lazyeval pkgs/r/linux-64::r-lazyeval-0.2.2-r36h96ca727_0
r-magrittr pkgs/r/noarch::r-magrittr-1.5-r36h6115d3f_4
r-mass pkgs/r/linux-64::r-mass-7.3_51.3-r36h96ca727_0
r-matrix pkgs/r/linux-64::r-matrix-1.2_17-r36h96ca727_0
r-mgcv pkgs/r/linux-64::r-mgcv-1.8_28-r36h96ca727_0
r-munsell pkgs/r/noarch::r-munsell-0.5.0-r36h6115d3f_0
r-nlme pkgs/r/linux-64::r-nlme-3.1_139-r36ha65eedd_0
r-pillar pkgs/r/noarch::r-pillar-1.3.1-r36h6115d3f_0
r-pkgconfig pkgs/r/noarch::r-pkgconfig-2.0.2-r36h6115d3f_0
r-plyr pkgs/r/linux-64::r-plyr-1.8.4-r36h29659fb_0
r-r6 pkgs/r/noarch::r-r6-2.4.0-r36h6115d3f_0
r-rcolorbrewer pkgs/r/noarch::r-rcolorbrewer-1.1_2-r36h6115d3f_0
r-rcpp pkgs/r/linux-64::r-rcpp-1.0.1-r36h29659fb_0
r-reshape pkgs/r/linux-64::r-reshape-0.8.8-r36h6115d3f_0
r-reshape2 pkgs/r/linux-64::r-reshape2-1.4.3-r36h29659fb_0
r-rlang pkgs/r/linux-64::r-rlang-0.3.4-r36h96ca727_0
r-scales pkgs/r/linux-64::r-scales-1.0.0-r36h29659fb_0
r-stringi pkgs/r/linux-64::r-stringi-1.4.3-r36h29659fb_0
r-stringr pkgs/r/noarch::r-stringr-1.4.0-r36h6115d3f_0
r-tibble pkgs/r/linux-64::r-tibble-2.1.1-r36h96ca727_0
r-utf8 pkgs/r/linux-64::r-utf8-1.1.4-r36h96ca727_0
r-viridislite pkgs/r/noarch::r-viridislite-0.3.0-r36h6115d3f_0
r-withr pkgs/r/noarch::r-withr-2.1.2-r36h6115d3f_0
setuptools pkgs/main/linux-64::setuptools-45.1.0-py38_0
sqlite pkgs/main/linux-64::sqlite-3.30.1-h7b6447c_0
wheel pkgs/main/linux-64::wheel-0.34.1-py38_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
pip-20.0.2 | 1.9 MB | ############################################################ | 100%
r-glue-1.3.1 | 165 KB | ############################################################ | 100%
r-cli-1.1.0 | 189 KB | ############################################################ | 100%
r-gsalib-2.1 | 31 KB | ############################################################ | 100%
r-munsell-0.5.0 | 254 KB | ############################################################ | 100%
r-bitops-1.0_6 | 34 KB | ############################################################ | 100%
r-reshape2-1.4.3 | 129 KB | ############################################################ | 100%
r-rcpp-1.0.1 | 3.3 MB | ############################################################ | 100%
r-lattice-0.20_38 | 1.1 MB | ############################################################ | 100%
r-colorspace-1.4_1 | 2.5 MB | ############################################################ | 100%
r-gdata-2.18.0 | 1.1 MB | ############################################################ | 100%
r-scales-1.0.0 | 580 KB | ############################################################ | 100%
r-withr-2.1.2 | 181 KB | ############################################################ | 100%
r-matrix-1.2_17 | 3.8 MB | ############################################################ | 100%
r-mass-7.3_51.3 | 1.1 MB | ############################################################ | 100%
r-mgcv-1.8_28 | 2.6 MB | ############################################################ | 100%
setuptools-45.1.0 | 657 KB | ############################################################ | 100%
r-labeling-0.3 | 71 KB | ############################################################ | 100%
r-lazyeval-0.2.2 | 164 KB | ############################################################ | 100%
gatk-3.8 | 8 KB | ############################################################ | 100%
certifi-2019.11.28 | 156 KB | ############################################################ | 100%
r-dichromat-2.0_0 | 163 KB | ############################################################ | 100%
r-gtable-0.3.0 | 425 KB | ############################################################ | 100%
r-r6-2.4.0 | 68 KB | ############################################################ | 100%
r-tibble-2.1.1 | 316 KB | ############################################################ | 100%
r-reshape-0.8.8 | 174 KB | ############################################################ | 100%
r-kernsmooth-2.23_15 | 102 KB | ############################################################ | 100%
r-plyr-1.8.4 | 815 KB | ############################################################ | 100%
r-fansi-0.4.0 | 193 KB | ############################################################ | 100%
r-rcolorbrewer-1.1_2 | 62 KB | ############################################################ | 100%
r-viridislite-0.3.0 | 66 KB | ############################################################ | 100%
r-magrittr-1.5 | 173 KB | ############################################################ | 100%
wheel-0.34.1 | 49 KB | ############################################################ | 100%
r-pkgconfig-2.0.2 | 25 KB | ############################################################ | 100%
python-3.8.1 | 57.8 MB | ############################################################ | 100%
sqlite-3.30.1 | 1.9 MB | ############################################################ | 100%
r-rlang-0.3.4 | 1.0 MB | ############################################################ | 100%
r-assertthat-0.2.1 | 74 KB | ############################################################ | 100%
r-utf8-1.1.4 | 159 KB | ############################################################ | 100%
r-stringr-1.4.0 | 221 KB | ############################################################ | 100%
r-catools-1.17.1.2 | 223 KB | ############################################################ | 100%
r-gplots-3.0.1.1 | 699 KB | ############################################################ | 100%
r-ggplot2-3.1.1 | 3.6 MB | ############################################################ | 100%
r-gtools-3.8.1 | 325 KB | ############################################################ | 100%
r-pillar-1.3.1 | 180 KB | ############################################################ | 100%
r-nlme-3.1_139 | 2.2 MB | ############################################################ | 100%
r-digest-0.6.18 | 155 KB | ############################################################ | 100%
r-stringi-1.4.3 | 773 KB | ############################################################ | 100%
r-crayon-1.3.4 | 757 KB | ############################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install bedtools
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK
added / updated specs:
- bedtools
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
bedtools-2.29.2 | hc088bd4_0 13.8 MB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 13.8 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
bedtools bioconda/linux-64::bedtools-2.29.2-hc088bd4_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
bedtools-2.29.2 | 13.8 MB | ############################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install SnpEff
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK
added / updated specs:
- snpeff
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
snpeff-4.3.1t | 3 19.7 MB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 19.7 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
snpeff bioconda/noarch::snpeff-4.3.1t-3
Proceed ([y]/n)? t
Invalid choice: t
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
snpeff-4.3.1t | 19.7 MB | ############################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
