(base) vikas@vikas-Lenovo-ideapad-320-15ISK:~/vinodLab/Genepi$ conda env create -f covid19-environment.yml
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
Downloading and Extracting Packages
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docutils-0.17.1 | 762 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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pixman-0.40.0 | 627 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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cffi-1.14.6 | 225 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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fontconfig-2.13.1 | 357 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pthread-stubs-0.4 | 5 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
certifi-2021.10.8 | 144 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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_openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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urllib3-1.26.7 | 100 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
ld_impl_linux-64-2.3 | 667 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
hisat2-2.2.1 | 16.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
cairo-1.16.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxdmcp-1.1.3 | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
_r-mutex-1.0.1 | 3 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pyopenssl-21.0.0 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
minimap2-2.22 | 483 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
krb5-1.19.2 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
font-ttf-ubuntu-0.83 | 1.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gitpython-3.1.24 | 122 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
font-ttf-source-code | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-inputproto-2.3. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libice-1.0.10 | 58 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-fixesproto-5.0 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gfortran_impl_linux- | 14.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
binutils_linux-64-2. | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
fonts-conda-ecosyste | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-xextproto-7.3.0 | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
spades-3.15.3 | 48.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
binutils_impl_linux- | 10.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libstdcxx-devel_linu | 9.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
tar-1.34 | 904 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
varscan-2.4.4 | 123 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
alsa-lib-1.2.3 | 560 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
curl-7.79.1 | 153 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
picard-2.26.3 | 16.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
lz4-c-1.9.3 | 179 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libwebp-base-1.2.0 | 815 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
wget-1.20.3 | 804 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
python_abi-3.7 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
git-2.33.1 | 13.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
perl-xml-parser-2.44 | 165 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxfixes-5.0.3 | 18 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
simplejson-3.17.5 | 103 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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libstdcxx-ng-11.2.0 | 4.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
r-base-3.6.3 | 23.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxrender-0.9. | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
fribidi-1.0.10 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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libssh2-1.10.0 | 233 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxtst-1.2.3 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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sysroot_linux-64-2.1 | 34.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libopenblas-0.3.18 | 9.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
perl-gd-2.68 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
wrapt-1.13.2 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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numpy-1.21.3 | 6.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libglib-2.70.0 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libgcc-ng-11.2.0 | 887 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
expat-2.4.1 | 182 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libgomp-11.2.0 | 427 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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libnghttp2-1.43.0 | 790 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
python-dateutil-2.8. | 240 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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libidn2-2.3.2 | 98 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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xorg-renderproto-0.1 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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wheel-0.37.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
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graphite2-1.3.13 | 102 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-kbproto-1.0.7 | 27 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
ca-certificates-2021 | 139 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gettext-0.19.8.1 | 3.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libsanitizer-9.4.0 | 6.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libblas-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libcurl-7.79.1 | 335 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
bedtools-2.30.0 | 17.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pcre2-10.37 | 1.1 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libx11-1.7.2 | 941 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
biopython-1.74 | 2.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
blast-2.12.0 | 22.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
harfbuzz-2.9.1 | 2.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: \
Krona installed. You still need to manually update the taxonomy
databases before Krona can generate taxonomic reports. The update
script is ktUpdateTaxonomy.sh. The default location for storing
taxonomic databases is /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy
If you would like the taxonomic data stored elsewhere, simply replace
this directory with a symlink. For example:
rm -rf /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy
mkdir /path/on/big/disk/taxonomy
ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy
ktUpdateTaxonomy.sh
\ The default QUAST package does not include:
* GRIDSS (needed for structural variants detection)
* SILVA 16S rRNA database (needed for reference genome detection in metagenomic datasets)
* BUSCO tools and databases (needed for searching BUSCO genes) -- works in Linux only!
To be able to use those, please run
quast-download-gridss
quast-download-silva
quast-download-busco
done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate covid19-genepi
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
