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Installing Covid19 Environment !

(base) vikas@vikas-Lenovo-ideapad-320-15ISK:~/vinodLab/Genepi$ conda env create -f covid19-environment.yml Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done Downloading and Extracting Packages sqlite-3.36.0 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% docutils-0.17.1 | 762 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% kernel-headers_linux | 957 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pixman-0.40.0 | 627 KB | 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############################################################################################################################################################################################## | 100% lz4-c-1.9.3 | 179 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libwebp-base-1.2.0 | 815 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wget-1.20.3 | 804 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% python_abi-3.7 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% git-2.33.1 | 13.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% perl-xml-parser-2.44 | 165 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxfixes-5.0.3 | 18 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% simplejson-3.17.5 | 103 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% krona-2.8 | 154 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% mafft-7.487 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% liblapack-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libstdcxx-ng-11.2.0 | 4.2 MB | 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############################################################################################################################################################################################## | 100% python-3.7.10 | 57.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% cryptography-35.0.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pyyaml-6.0 | 188 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gitdb-4.0.9 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgfortran-ng-11.2. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libssh2-1.10.0 | 233 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libxtst-1.2.3 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% zipp-3.6.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% sysroot_linux-64-2.1 | 34.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libopenblas-0.3.18 | 9.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% perl-gd-2.68 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% wrapt-1.13.2 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% tktable-2.10 | 89 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% numpy-1.21.3 | 6.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libglib-2.70.0 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-ng-11.2.0 | 887 KB | 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############################################################################################################################################################################################## | 100% seqtk-1.3 | 38 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% gxx_linux-64-9.4.0 | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libnsl-2.0.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% _sysroot_linux-64_cu | 14 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pcre-8.45 | 253 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% openjpeg-2.4.0 | 444 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libxcb-1.13 | 395 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% libgcc-devel_linux-6 | 4.0 MB | 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############################################################################################################################################################################################## | 100% bedtools-2.30.0 | 17.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% pcre2-10.37 | 1.1 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% xorg-libx11-1.7.2 | 941 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% biopython-1.74 | 2.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% blast-2.12.0 | 22.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% harfbuzz-2.9.1 | 2.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: \ Krona installed. You still need to manually update the taxonomy databases before Krona can generate taxonomic reports. The update script is ktUpdateTaxonomy.sh. The default location for storing taxonomic databases is /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy If you would like the taxonomic data stored elsewhere, simply replace this directory with a symlink. For example: rm -rf /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy mkdir /path/on/big/disk/taxonomy ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy ktUpdateTaxonomy.sh \ The default QUAST package does not include: * GRIDSS (needed for structural variants detection) * SILVA 16S rRNA database (needed for reference genome detection in metagenomic datasets) * BUSCO tools and databases (needed for searching BUSCO genes) -- works in Linux only! To be able to use those, please run quast-download-gridss quast-download-silva quast-download-busco done # # To activate this environment, use # # $ conda activate covid19-genepi # # To deactivate an active environment, use # # $ conda deactivate