Surabhi Chaudhary
A Bioinformatician
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Installing Covid19 Environment !
By Surabhi Chaudhary 1124 days ago
(base) vikas@vikas-Lenovo-ideapad-320-15ISK:~/vinodLab/Genepi$ conda env create -f covid19-environment.yml
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
Downloading and Extracting Packages
sqlite-3.36.0 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
docutils-0.17.1 | 762 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
kernel-headers_linux | 957 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pixman-0.40.0 | 627 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libtiff-4.2.0 | 590 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
llvm-meta-7.0.0 | 2 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
sed-4.8 | 264 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxau-1.0.9 | 13 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-xproto-7.0.31 | 73 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
joblib-1.1.0 | 210 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
fonts-conda-forge-1 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
importlib-metadata-4 | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
typing_extensions-3. | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
datrie-0.8.2 | 152 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
rsync-3.2.3 | 312 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
setuptools-58.2.0 | 1008 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
cffi-1.14.6 | 225 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-recordproto-1.1 | 8 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxext-1.3.4 | 54 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libzlib-1.2.11 | 59 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gxx_impl_linux-64-9. | 10.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
fontconfig-2.13.1 | 357 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pthread-stubs-0.4 | 5 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
certifi-2021.10.8 | 144 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libcblas-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
_openmp_mutex-4.5 | 22 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
kraken2-2.1.2 | 208 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
tk-8.6.11 | 3.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
zlib-1.2.11 | 86 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
urllib3-1.26.7 | 100 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
ld_impl_linux-64-2.3 | 667 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
hisat2-2.2.1 | 16.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
cairo-1.16.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxdmcp-1.1.3 | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
_r-mutex-1.0.1 | 3 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pyopenssl-21.0.0 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
minimap2-2.22 | 483 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
krb5-1.19.2 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
font-ttf-ubuntu-0.83 | 1.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gitpython-3.1.24 | 122 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
font-ttf-source-code | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-inputproto-2.3. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libice-1.0.10 | 58 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-fixesproto-5.0 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gfortran_impl_linux- | 14.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
binutils_linux-64-2. | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
fonts-conda-ecosyste | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-xextproto-7.3.0 | 28 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
spades-3.15.3 | 48.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
binutils_impl_linux- | 10.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libstdcxx-devel_linu | 9.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
tar-1.34 | 904 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
varscan-2.4.4 | 123 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
alsa-lib-1.2.3 | 560 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
curl-7.79.1 | 153 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
picard-2.26.3 | 16.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
lz4-c-1.9.3 | 179 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libwebp-base-1.2.0 | 815 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
wget-1.20.3 | 804 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
python_abi-3.7 | 4 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
git-2.33.1 | 13.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
perl-xml-parser-2.44 | 165 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxfixes-5.0.3 | 18 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
simplejson-3.17.5 | 103 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
krona-2.8 | 154 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
mafft-7.487 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
liblapack-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libstdcxx-ng-11.2.0 | 4.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
r-base-3.6.3 | 23.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxrender-0.9. | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
fribidi-1.0.10 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
kiwisolver-1.3.2 | 78 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
python-3.7.10 | 57.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
cryptography-35.0.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pyyaml-6.0 | 188 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gitdb-4.0.9 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libgfortran-ng-11.2. | 19 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libssh2-1.10.0 | 233 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxtst-1.2.3 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
zipp-3.6.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
sysroot_linux-64-2.1 | 34.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libopenblas-0.3.18 | 9.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
perl-gd-2.68 | 112 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
wrapt-1.13.2 | 48 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
tktable-2.10 | 89 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
numpy-1.21.3 | 6.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libglib-2.70.0 | 3.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libgcc-ng-11.2.0 | 887 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
expat-2.4.1 | 182 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libgomp-11.2.0 | 427 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
jsonschema-4.1.2 | 54 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
openmp-7.0.0 | 396 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gcc_impl_linux-64-9. | 45.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
openjdk-11.0.9.1 | 173.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
c-ares-1.17.2 | 109 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gcc_linux-64-9.4.0 | 24 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
matplotlib-base-3.4. | 7.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pango-1.48.10 | 400 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pillow-8.2.0 | 684 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
attrs-21.2.0 | 44 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
zstd-1.5.0 | 490 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libxi-1.7.10 | 46 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libnghttp2-1.43.0 | 790 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
python-dateutil-2.8. | 240 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
seqtk-1.3 | 38 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gxx_linux-64-9.4.0 | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libnsl-2.0.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
_sysroot_linux-64_cu | 14 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pcre-8.45 | 253 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
openjpeg-2.4.0 | 444 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libxcb-1.13 | 395 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libgcc-devel_linux-6 | 4.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libgd-2.3.2 | 299 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
make-4.3 | 507 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
openssl-1.1.1l | 2.1 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
bwidget-1.9.14 | 120 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gfortran_linux-64-9. | 23 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libgfortran5-11.2.0 | 1.7 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libidn2-2.3.2 | 98 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libsm-1.2.3 | 26 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libunistring-0.9.10 | 1.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-renderproto-0.1 | 9 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
configargparse-1.5.3 | 32 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pip-21.3.1 | 1.2 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
quast-5.0.2 | 18.3 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
wheel-0.37.0 | 31 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libffi-3.4.2 | 57 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
font-ttf-inconsolata | 94 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
entrez-direct-15.6 | 7.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
graphite2-1.3.13 | 102 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-kbproto-1.0.7 | 27 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
ca-certificates-2021 | 139 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
gettext-0.19.8.1 | 3.6 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libsanitizer-9.4.0 | 6.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libblas-3.9.0 | 12 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
libcurl-7.79.1 | 335 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
bedtools-2.30.0 | 17.9 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
pcre2-10.37 | 1.1 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
xorg-libx11-1.7.2 | 941 KB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
biopython-1.74 | 2.5 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
blast-2.12.0 | 22.4 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
harfbuzz-2.9.1 | 2.0 MB | ############################################################################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: \
Krona installed. You still need to manually update the taxonomy
databases before Krona can generate taxonomic reports. The update
script is ktUpdateTaxonomy.sh. The default location for storing
taxonomic databases is /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy
If you would like the taxonomic data stored elsewhere, simply replace
this directory with a symlink. For example:
rm -rf /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy
mkdir /path/on/big/disk/taxonomy
ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /home/vikas/anaconda3/envs/covid19-genepi/opt/krona/taxonomy
ktUpdateTaxonomy.sh
\ The default QUAST package does not include:
* GRIDSS (needed for structural variants detection)
* SILVA 16S rRNA database (needed for reference genome detection in metagenomic datasets)
* BUSCO tools and databases (needed for searching BUSCO genes) -- works in Linux only!
To be able to use those, please run
quast-download-gridss
quast-download-silva
quast-download-busco
done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate covid19-genepi
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
