Rahul Nayak
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Bash command to install bwa, samtools, picard !
By Rahul Nayak 1759 days ago
(base) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install bwa
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: -
The environment is inconsistent, please check the package plan carefully
The following packages are causing the inconsistency:
- defaults/linux-64::numba==0.43.1=py37h962f231_0
- defaults/linux-64::anaconda==2019.03=py37_0
done
## Package Plan ##
environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3
added / updated specs:
- bwa
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
_anaconda_depends-2019.03 | py37_0 5 KB
anaconda-custom | py37_1 3 KB
bwa-0.7.17 | hed695b0_7 523 KB bioconda
ca-certificates-2020.1.1 | 0 132 KB
certifi-2019.11.28 | py37_0 156 KB
openssl-1.1.1d | h7b6447c_3 3.7 MB
perl-5.26.2 | h14c3975_0 15.9 MB
tbb-2019.8 | hfd86e86_0 1.4 MB
------------------------------------------------------------
Total: 21.8 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
_anaconda_depends pkgs/main/linux-64::_anaconda_depends-2019.03-py37_0
bwa bioconda/linux-64::bwa-0.7.17-hed695b0_7
perl pkgs/main/linux-64::perl-5.26.2-h14c3975_0
tbb pkgs/main/linux-64::tbb-2019.8-hfd86e86_0
The following packages will be UPDATED:
ca-certificates 2019.1.23-0 --> 2020.1.1-0
certifi 2019.3.9-py37_0 --> 2019.11.28-py37_0
openssl 1.1.1b-h7b6447c_1 --> 1.1.1d-h7b6447c_3
The following packages will be DOWNGRADED:
anaconda 2019.03-py37_0 --> custom-py37_1
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
certifi-2019.11.28 | 156 KB | ############################################################ | 100%
ca-certificates-2020 | 132 KB | ############################################################ | 100%
perl-5.26.2 | 15.9 MB | ############################################################ | 100%
bwa-0.7.17 | 523 KB | ############################################################ | 100%
anaconda-custom | 3 KB | ############################################################ | 100%
openssl-1.1.1d | 3.7 MB | ############################################################ | 100%
_anaconda_depends-20 | 5 KB | ############################################################ | 100%
tbb-2019.8 | 1.4 MB | ############################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install samtools
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK
added / updated specs:
- samtools
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
bzip2-1.0.8 | h7b6447c_0 105 KB
curl-7.67.0 | hbc83047_0 145 KB
htslib-1.9 | h4da6232_3 1.2 MB bioconda
krb5-1.16.4 | h173b8e3_0 1.4 MB
libcurl-7.67.0 | h20c2e04_0 576 KB
libdeflate-1.2 | h516909a_1 63 KB bioconda
libssh2-1.8.2 | h1ba5d50_0 250 KB
libstdcxx-ng-9.1.0 | hdf63c60_0 4.0 MB
samtools-1.9 | h10a08f8_12 299 KB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 8.0 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
bzip2 pkgs/main/linux-64::bzip2-1.0.8-h7b6447c_0
ca-certificates pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2020.1.1-0
curl pkgs/main/linux-64::curl-7.67.0-hbc83047_0
htslib bioconda/linux-64::htslib-1.9-h4da6232_3
krb5 pkgs/main/linux-64::krb5-1.16.4-h173b8e3_0
libcurl pkgs/main/linux-64::libcurl-7.67.0-h20c2e04_0
libdeflate bioconda/linux-64::libdeflate-1.2-h516909a_1
libedit pkgs/main/linux-64::libedit-3.1.20181209-hc058e9b_0
libssh2 pkgs/main/linux-64::libssh2-1.8.2-h1ba5d50_0
libstdcxx-ng pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0
ncurses pkgs/main/linux-64::ncurses-6.1-he6710b0_1
openssl pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1d-h7b6447c_3
samtools bioconda/linux-64::samtools-1.9-h10a08f8_12
tk pkgs/main/linux-64::tk-8.6.8-hbc83047_0
xz pkgs/main/linux-64::xz-5.2.4-h14c3975_4
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
libstdcxx-ng-9.1.0 | 4.0 MB | ############################################################ | 100%
libdeflate-1.2 | 63 KB | ############################################################ | 100%
bzip2-1.0.8 | 105 KB | ############################################################ | 100%
libssh2-1.8.2 | 250 KB | ############################################################ | 100%
samtools-1.9 | 299 KB | ############################################################ | 100%
krb5-1.16.4 | 1.4 MB | ############################################################ | 100%
libcurl-7.67.0 | 576 KB | ############################################################ | 100%
curl-7.67.0 | 145 KB | ############################################################ | 100%
htslib-1.9 | 1.2 MB | ############################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(my_GATK) [wsu29@bladeamd-2 tmp]$ conda install picard
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /data/sata_data/workshop/wsu29/anaconda3/envs/my_GATK
added / updated specs:
- picard
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
_r-mutex-1.0.0 | anacondar_1 2 KB
binutils_impl_linux-64-2.33.1| he6710b0_7 8.6 MB
binutils_linux-64-2.33.1 | h9595d00_15 24 KB
bwidget-1.9.11 | 1 113 KB
gcc_impl_linux-64-7.3.0 | habb00fd_1 73.2 MB
gcc_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 25 KB
gfortran_impl_linux-64-7.3.0| hdf63c60_1 9.0 MB
gfortran_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 25 KB
glib-2.63.1 | h5a9c865_0 3.4 MB
gsl-2.4 | h14c3975_4 2.6 MB
gxx_impl_linux-64-7.3.0 | hdf63c60_1 18.7 MB
gxx_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 25 KB
ld_impl_linux-64-2.33.1 | h53a641e_7 645 KB
libpng-1.6.37 | hbc83047_0 364 KB
libtiff-4.1.0 | h2733197_0 589 KB
libxml2-2.9.9 | hea5a465_1 2.0 MB
make-4.2.1 | h1bed415_1 429 KB
openjdk-8.0.152 | h46b5887_1 128.6 MB
picard-2.21.7 | 0 14.7 MB bioconda
r-base-3.6.1 | h9bb98a2_1 39.7 MB
tktable-2.10 | h14c3975_0 88 KB
------------------------------------------------------------
Total: 302.7 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
_r-mutex pkgs/r/linux-64::_r-mutex-1.0.0-anacondar_1
binutils_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::binutils_impl_linux-64-2.33.1-he6710b0_7
binutils_linux-64 pkgs/main/linux-64::binutils_linux-64-2.33.1-h9595d00_15
bwidget pkgs/main/linux-64::bwidget-1.9.11-1
cairo pkgs/main/linux-64::cairo-1.14.12-h8948797_3
fontconfig pkgs/main/linux-64::fontconfig-2.13.0-h9420a91_0
freetype pkgs/main/linux-64::freetype-2.9.1-h8a8886c_1
fribidi pkgs/main/linux-64::fribidi-1.0.5-h7b6447c_0
gcc_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::gcc_impl_linux-64-7.3.0-habb00fd_1
gcc_linux-64 pkgs/main/linux-64::gcc_linux-64-7.3.0-h553295d_15
gfortran_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::gfortran_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1
gfortran_linux-64 pkgs/main/linux-64::gfortran_linux-64-7.3.0-h553295d_15
glib pkgs/main/linux-64::glib-2.63.1-h5a9c865_0
graphite2 pkgs/main/linux-64::graphite2-1.3.13-h23475e2_0
gsl pkgs/main/linux-64::gsl-2.4-h14c3975_4
gxx_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::gxx_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1
gxx_linux-64 pkgs/main/linux-64::gxx_linux-64-7.3.0-h553295d_15
harfbuzz pkgs/main/linux-64::harfbuzz-1.8.8-hffaf4a1_0
icu pkgs/main/linux-64::icu-58.2-h9c2bf20_1
jpeg pkgs/main/linux-64::jpeg-9b-h024ee3a_2
ld_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.33.1-h53a641e_7
libffi pkgs/main/linux-64::libffi-3.2.1-hd88cf55_4
libgfortran-ng pkgs/main/linux-64::libgfortran-ng-7.3.0-hdf63c60_0
libpng pkgs/main/linux-64::libpng-1.6.37-hbc83047_0
libtiff pkgs/main/linux-64::libtiff-4.1.0-h2733197_0
libuuid pkgs/main/linux-64::libuuid-1.0.3-h1bed415_2
libxcb pkgs/main/linux-64::libxcb-1.13-h1bed415_1
libxml2 pkgs/main/linux-64::libxml2-2.9.9-hea5a465_1
make pkgs/main/linux-64::make-4.2.1-h1bed415_1
openjdk pkgs/main/linux-64::openjdk-8.0.152-h46b5887_1
pango pkgs/main/linux-64::pango-1.42.4-h049681c_0
pcre pkgs/main/linux-64::pcre-8.43-he6710b0_0
picard bioconda/noarch::picard-2.21.7-0
pixman pkgs/main/linux-64::pixman-0.38.0-h7b6447c_0
r-base pkgs/r/linux-64::r-base-3.6.1-h9bb98a2_1
readline pkgs/main/linux-64::readline-7.0-h7b6447c_5
tktable pkgs/main/linux-64::tktable-2.10-h14c3975_0
zstd pkgs/main/linux-64::zstd-1.3.7-h0b5b093_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
tktable-2.10 | 88 KB | ############################################################ | 100%
gcc_linux-64-7.3.0 | 25 KB | ############################################################ | 100%
openjdk-8.0.152 | 128.6 MB | ############################################################ | 100%
gfortran_impl_linux- | 9.0 MB | ############################################################ | 100%
libpng-1.6.37 | 364 KB | ############################################################ | 100%
libxml2-2.9.9 | 2.0 MB | ############################################################ | 100%
gcc_impl_linux-64-7. | 73.2 MB | ############################################################ | 100%
picard-2.21.7 | 14.7 MB | ############################################################ | 100%
gsl-2.4 | 2.6 MB | ############################################################ | 100%
r-base-3.6.1 | 39.7 MB | ############################################################ | 100%
ld_impl_linux-64-2.3 | 645 KB | ############################################################ | 100%
_r-mutex-1.0.0 | 2 KB | ############################################################ | 100%
bwidget-1.9.11 | 113 KB | ############################################################ | 100%
make-4.2.1 | 429 KB | ############################################################ | 100%
glib-2.63.1 | 3.4 MB | ############################################################ | 100%
gxx_linux-64-7.3.0 | 25 KB | ############################################################ | 100%
binutils_linux-64-2. | 24 KB | ############################################################ | 100%
gxx_impl_linux-64-7. | 18.7 MB | ############################################################ | 100%
gfortran_linux-64-7. | 25 KB | ############################################################ | 100%
libtiff-4.1.0 | 589 KB | ############################################################ | 100%
binutils_impl_linux- | 8.6 MB | ############################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
