➜ trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6 git:(master) ✗ conda install salmon
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/urbe/anaconda3
added / updated specs:
- salmon
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
boost-1.64.0 | py36_4 331 KB conda-forge
jemalloc-5.1.0 | hfc679d8_0 8.2 MB conda-forge
boost-cpp-1.64.0 | 1 17.8 MB conda-forge
salmon-0.10.2 | 1 3.7 MB bioconda
conda-4.5.5 | py36_0 624 KB conda-forge
tbb-2018_20171205 | 0 1.2 MB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 31.8 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
boost: 1.64.0-py36_4 conda-forge
boost-cpp: 1.64.0-1 conda-forge
jemalloc: 5.1.0-hfc679d8_0 conda-forge
salmon: 0.10.2-1 bioconda
tbb: 2018_20171205-0 conda-forge
The following packages will be UPDATED:
conda: 4.5.4-py36_0 conda-forge --> 4.5.5-py36_0 conda-forge
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
boost-1.64.0 | 331 KB | ####################################################################################################################################### | 100%
jemalloc-5.1.0 | 8.2 MB | ####################################################################################################################################### | 100%
boost-cpp-1.64.0 | 17.8 MB | ####################################################################################################################################### | 100%
salmon-0.10.2 | 3.7 MB | ####################################################################################################################################### | 100%
conda-4.5.5 | 624 KB | ####################################################################################################################################### | 100%
tbb-2018_20171205 | 1.2 MB | ####################################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Comments
Sometime, you need to provide the path
➜ Tools git:(master) ✗ PATH=$PATH:/home/tools/anaconda3/bin
➜ Tools git:(master) ✗ export $PATH