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Install trimmomatic using Conda !
By LEGE 1065 days ago
vik@vik-Lenovo-ideapad-320-15ISK:~/Downloads/setu/setu$ conda install -c bioconda trimmomatic
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.9.2
latest version: 4.10.1
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /home/vik/anaconda3/envs/vikENV
added / updated specs:
- trimmomatic
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
certifi-2021.5.30 | py37h06a4308_0 139 KB
openjdk-8.0.152 | h7b6447c_3 57.4 MB
trimmomatic-0.39 | hdfd78af_2 144 KB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 57.6 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
openjdk pkgs/main/linux-64::openjdk-8.0.152-h7b6447c_3
trimmomatic bioconda/noarch::trimmomatic-0.39-hdfd78af_2
The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:
certifi conda-forge::certifi-2021.5.30-py37h8~ --> pkgs/main::certifi-2021.5.30-py37h06a4308_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
certifi-2021.5.30 | 139 KB | ################################################################################################################################################################## | 100%
openjdk-8.0.152 | 57.4 MB | ################################################################################################################################################################## | 100%
trimmomatic-0.39 | 144 KB | ################################################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
