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Conda command to install checkV
By Neel 838 days ago Comments (1)
(mENV) [jnarayan@hn1 Monkey_Pox]$ conda install -c conda-forge -c bioconda checkv
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/man/anaconda3/envs/jitENV
added / updated specs:
- checkv
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
boost-1.68.0 |py36h8619c78_1001 325 KB conda-forge
boost-cpp-1.68.0 | h11c811c_1000 20.5 MB conda-forge
ca-certificates-2022.6.15 | ha878542_0 149 KB conda-forge
checkv-1.0.1 | pyhdfd78af_0 33 KB bioconda
diamond-0.9.24 | ha888412_1 758 KB bioconda
importlib-metadata-4.2.0 | py36h5fab9bb_0 30 KB conda-forge
kcounter-0.1.1 | py36h91eb985_1 871 KB bioconda
libzlib-1.2.12 | h166bdaf_2 63 KB conda-forge
more-itertools-8.13.0 | pyhd8ed1ab_0 44 KB conda-forge
openssl-1.1.1q | h166bdaf_0 2.1 MB conda-forge
prodigal-gv-2.9.0 | h7132678_0 916 KB bioconda
zipp-0.6.0 | py_0 7 KB conda-forge
zlib-1.2.12 | h166bdaf_2 91 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 25.9 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
biopython conda-forge/linux-64::biopython-1.79-py36h8f6f2f9_0
boost conda-forge/linux-64::boost-1.68.0-py36h8619c78_1001
boost-cpp conda-forge/linux-64::boost-cpp-1.68.0-h11c811c_1000
checkv bioconda/noarch::checkv-1.0.1-pyhdfd78af_0
diamond bioconda/linux-64::diamond-0.9.24-ha888412_1
importlib-metadata conda-forge/linux-64::importlib-metadata-4.2.0-py36h5fab9bb_0
kcounter bioconda/linux-64::kcounter-0.1.1-py36h91eb985_1
more-itertools conda-forge/noarch::more-itertools-8.13.0-pyhd8ed1ab_0
prodigal-gv bioconda/linux-64::prodigal-gv-2.9.0-h7132678_0
typing_extensions conda-forge/noarch::typing_extensions-3.10.0.2-pyha770c72_0
zipp conda-forge/noarch::zipp-0.6.0-py_0
The following packages will be UPDATED:
libgcc-ng 11.2.0-h1d223b6_11 --> 12.1.0-h8d9b700_16
libzlib 1.2.11-h36c2ea0_1013 --> 1.2.12-h166bdaf_2
zlib 1.2.11-h36c2ea0_1013 --> 1.2.12-h166bdaf_2
The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:
ca-certificates pkgs/main::ca-certificates-2022.07.19~ --> conda-forge::ca-certificates-2022.6.15-ha878542_0
openssl pkgs/main::openssl-1.1.1q-h7f8727e_0 --> conda-forge::openssl-1.1.1q-h166bdaf_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
ca-certificates-2022 | 149 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
openssl-1.1.1q | 2.1 MB | ############################################################################################################################################################### | 100%
kcounter-0.1.1 | 871 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
libzlib-1.2.12 | 63 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
zlib-1.2.12 | 91 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
more-itertools-8.13. | 44 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
checkv-1.0.1 | 33 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
zipp-0.6.0 | 7 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
prodigal-gv-2.9.0 | 916 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
importlib-metadata-4 | 30 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
boost-cpp-1.68.0 | 20.5 MB | ############################################################################################################################################################### | 100%
diamond-0.9.24 | 758 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
boost-1.68.0 | 325 KB | ############################################################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: \
CheckV v1.0.1 an external database which needs to be downloaded
and unarchived. The link for the database can be found in CheckV's
instructions at https://bitbucket.org/berkeleylab/checkv/
done
Comments
More at https://bitbucket.org/berkeleylab/checkv/src/master/